Das Kuratorium des WZB beschließt die Grundzüge der Forschungspolitik der Gesellschaft und wirkt in allen wesentlichen forschungspolitischen und finanziellen Angelegenheiten der Gesellschaft mit. Es besteht aus dreizehn stimmberechtigten Mitgliedern, die ihr Amt ehrenamtlich versehen. In wissenschaftlichen Fragen wird das Kuratorium von einem mit externen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern besetzten Beirat beraten. Beratende Funktion in wissenschaftlichen Angelegenheiten hat auch der Wissenschaftliche Rat, dem WZB-interne Mitglieder angehören. Er gibt vor grundlegenden Entscheidungen, die die wissenschaftlichen Arbeitseinheiten betreffen, eine Stellungnahme ab.

Die Gremien des WZB, Berufungskommissionen und andere Kommissionen und Ausschüsse werden betreut von den Mitarbeiterinnen des Gremienbüros.