自從清兵入關之後，明朝的遺臣擁立一些宗室建立一系列的小朝廷，史稱南明。但最終被清軍各個擊破。
1648年，最後一位南明皇帝永曆帝遣出使羅馬教廷，請求教宗出兵協助抗擊滿清。但十年之後教宗的回書才被卜彌格帶到交趾（安南），此時南明政權已經覆滅。
南明滅亡後，不少遺臣不願臣服於滿清，流亡海外。例如朱舜水流亡日本，楊彥迪、陳上川、鄚玖流亡安南与高棉。中國出現了天地會、哥老會等等一系列以反清復明為宗旨的秘密會社。
1648年,金声桓、李成栋举兵反清,以江西、广东归附南明,清大军撤出湖南。桂王朱由榔和何腾蛟遂趁势出兵恢复湖南。先是遣曹志建、卢鼎、赵印选等攻永州,围城3月、大小36战,乃克复。
1652年，永历政权连广西一隅也已丧失，二月永历帝逃到了贵州安隆所，进入了大西军余部的控制区，从此开始以云贵为主要控制区，在大西军的拥护下开始抗清新阶段。
顺治九年( 1652 年) ，李定国进军广西,攻克桂林。清军定南王孔有德兵败自杀，同年李定国又率军进入湖南，在衡州大败清军，斩清军敬谨亲王尼堪。[2]
永历十二年（1658年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州。年底吴三桂攻入云南，次年正月，下昆明，进入云南，永历帝狼狈西奔，进入缅甸（东吁王朝）。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密导致未能大获全胜，南明军精锐损失殆尽，此即磨盘山血战。1659年1月5日（清顺治十五年十二月十三日）李定国退回昆明。永历小朝廷内人心惶惶。
咒水之难杀死了跟随永历帝出逃的沐天波等四十余人，次年二月将永历帝及其家属交给清军带回昆明。吴三桂将永历帝及其子绞死于于昆明。
这时，除了经营台湾的郑氏以外，在大江南北继续坚持武装抗清的只剩下了四川奉节县以东的所谓“夔东十三家”。
康熙元年( 1662 )冬,清廷满汉兵 10 万,运粮饷民夫 20 万,由秦、楚、蜀三省向“夔东十三家”会攻。1663年,农民军进攻四川巫山时被战败,郝永忠被俘杀。1664 年八月,李来亨全家自焚死。
明郑政权（東寧[3]）是一個鄭成功家族三世在臺灣建立的政權。鄭成功北伐失敗後轉進臺灣建立政權時，曾吸納大量明朝的遺臣為自己的下屬，並且堅守藩國與藩王身份，沿用明朝最後一位皇帝明昭宗的永曆年號，以維持形式上與早已滅亡的明朝之間的宗藩關係。
由於鄭成功是中日混血兒的緣故，在1645年至1674年期間，鄭成功及鄭經曾經先後十次遣使赴日本，請求日本江戶幕府出兵增援，史稱「日本乞師」。但江戶幕府當時秉承鎖國的政策，因此沒有接受這個請求。1674年，鄭經西征響應參與三藩之役。
鄭經在位反攻閩南無功，中末期和朝鮮一樣，逐漸放棄反清復明，走向反滿復漢的模式，援引朝鮮事例的藩屬國禮遇地位，拒削髮登岸。雙方多次談判，終因領土問題與互市意見不合而告終。[4][5]
1683年施琅攻台，寧靖王朱術桂自縊殉國，幼主鄭克塽出降，南明最后一个政权灭亡。[6][7][8]
朝鮮王朝原为明朝藩属，1619年薩爾滸之戰中曾派遣軍隊支援明朝抗擊滿清。后在1627年的丁卯胡亂和1636年的丙子胡亂中受到滿清的侵略，最終在1637年被迫簽訂城下之盟，與明朝斷絕了關係並承认为满清的藩属。
朝鮮朝廷將此城下之盟視為國恥，包括王室在内的朝鲜貴族大多反清。朝鲜孝宗即位後，立即筹划北伐，任命李浣為大將，訓練軍隊，改築城池。此外從漂泊到濟州島的外國船隻那裡購買新式武器，登用宋時烈、宋浚吉等人擴充軍備。准备响应三藩之乱、明郑等反清复明势力。
然而此计划因朝鮮财政的困难而被一再推遲。最终中國国内反清复明运动失败，孝宗的計劃也被清朝朝廷得知，先後六次遣使調查和警告。1659年，孝宗抱憾而終，此計劃最終流产。[9]
清朝建立後，明朝遺臣紛紛逃往東南亞各國避難，並謀匡復舊朝；從荷蘭人手中奪取台灣的鄭成功也高舉反清復明的旗幟與清朝對抗，天地會與小刀會等主張反清復明的組織也積極活動。台灣被清軍攻陷後，遺民志士相率逃往南洋各地，繼續宣揚反清復明的思想[10]。
