前身為北京清華人工環境工程公司,由陸致成等人於1989年創辦。1997年,北京清華大學企業集團發起設立清华同方,合併了人工環境工程工公司,由陸致成任首任董事長。1997年6月27日於上海證券交易所上市。2006年,公司更名為「同方股份有限公司」。
2013年1月9日,同方股份发布公告称將通過發行股份及支付現金的方式以13.68億元高价收購北京壹人壹本信息科技有限公司100.00%的股權。
2019年12月31日,公司控股股东由清华控股变更为中核资本,实际控制人由教育部变更为国务院国资委。截至目前,中核资本持有同方股份30.11%的股权。[1]