申時行生於明世宗嘉靖十四年（1535年），其父申士章為一富商。祖父申乾將其自小過繼徐姓舅家，故幼時姓徐。嘉靖四十年（1561年）辛酉科應天府乡试第三名举人，嘉靖四十一年（1562年）聯捷壬戌科會試第二十八名，廷试拔为状元，授翰林院修撰，回歸本宗申姓。後受张居正提拔，曾任礼部右侍郎、吏部右侍郎、左侍郎兼东阁大学士、礼部尚书、吏部尚书、中极殿大学士。萬曆十一年（1583年），張四維父丧丁忧三年，申時行代理內閣首輔。萬曆十三年（1585年），張四維居丧将要期满时病逝，申時行正式出任首辅。为政以维持局面、调和皇帝和御史等諫官之间矛盾为主要基調；雖拯救不少觸怒皇帝者的性命，也因此被視為“首鼠兩端”。
萬曆十九年（1591年），於擇立儲问题上在明神宗和言官之间试图调和争论，被言官參劾，辭官回蘇州閒居。晚號休休居士。卒於萬曆四十二年（1614年），贈太師，諡文定，賜葬吳山之陽。
申時行於首辅任上開創“章奏留中”[1]及“經筵取消，改為進呈講義”[2]；其本意雖為拯救雒于仁並讓不聽大臣講學的明神宗至少可以自己看點文字，這兩個慣例的養成都多少促成了萬曆怠政，並徹底切斷皇帝與大臣們交流的渠道。
《四库全书总目》说“其相业无咎无誉，诗文亦如其人”。著有《赐闲堂集》，万历年间参与重修《明会典》。另有《书经讲义会编》、《召对录》、《纶扉奏草》、《申定公赐闲堂遗墨》等。
此外，他亦善於真、行、草。
曾祖申周。祖父申乾。父申士章。母王氏，継母黄氏。重庆下。弟時德、時化、時傑。
- ^ 《明史·卷218》 列傳第一百六
時行請毋下其章，而諷于仁自引去，于仁賴以免。然章奏留中自此始。
- ^ 《明史．卷218》 列傳第一百六
時行請雖免講，仍進講章。自後為故事，講筵遂永罷。
