統帥權(德語:Oberbefehl[註 1];英語:supreme command)又譯為最高指揮權,指統帥武装部隊者具有的最高、全權指揮權限。盛行於19世紀末至20世紀前半德國公法學上解釋成國家元首指揮軍隊的權力,涉及軍政、軍令(military administration and command)體系之分野。
英国君主為軍隊之統帥,確立後來大多立憲國家元首為軍隊統帥的典範;惟實際指揮權依慣例在內閣手上。
中華民國肇建之初,北洋政府的大總統為陸海軍大元帥,設參謀本部負責軍令事宜,即使政府更迭,仍以大元帥地位持有統帥權。1926年,國民政府設軍事委員會負責軍政,軍令則是國民革命軍總司令部直隸於國府,並由中国國民黨总裁蔣中正出任軍委會主席兼國民革命軍總司令。1928年,蔣中正當選國民政府主席,成為實質掌握統帥權之人,直至1931年寧粵分裂下野。1932年,日本發動一二八事變,蔣中正復出任軍委會委員長兼參謀本部參謀總長。1935年,國民政府授階蔣中正任特級上將,以《特級上將授任條例》明定為中華民國陸、海、空軍最高軍事長官;與他國大元帥之不同,在於他國為榮譽職或全權委任,而特級上將由當時國府集體領導下制定法律授予實質掌握統帥權,則著眼於未來與日本愈演愈烈之衝突。1943年,蔣中正接任國府主席,並修改《中華民國國民政府組織法》,規定主席為海、陸、空軍大元帥[1]。
抗戰勝利後政府行憲,總統依《中華民國憲法》統帥全國陸海空軍,僅僅於1978年制定《國防部參謀本部組織法》,國防部參謀本部置參謀總長一人,在統帥、行政系統分別為總統、國防部部長之幕僚長,總統行使統帥權,直接經由參謀總長指揮軍隊,依循軍政、軍令二元體制。
然而國防體制與權責法制化仍嫌不足,所以在2000年制定《國防法》與修改《國防部組織法》,參考法國第五共和模式,總統決定國家安全有關之國防大政方針,或為因應國防重大緊急情勢,得召開國家安全會議。總統行使統帥權指揮軍隊,直接責成國防部部長,由部長命令參謀總長指揮執行之。另外,廢止不合時宜的《特級上將授任條例》;並於2001年修正《國防部參謀本部組織法》全文為《國防部參謀本部組織條例》,參謀本部依國防部命令指揮軍隊,參謀總長不再是總統之幕僚長,達成軍政、軍令一元化。