KEGG (英語 えいご :Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ,京都 きょうと 基 もと 因 いん 與 あずか 基 もと 因 いん 组百科全書 ひゃっかぜんしょ ,日 にち 语:京都 きょうと 遺伝子 いでんし ゲノム百科 ひゃっか 事典 じてん )是 ぜ 一套日本於1995年 ねん 制定 せいてい 的 てき 人類 じんるい 基 もと 因 いん 組 ぐみ 計 けい 劃 ,此為關 せき 於基 もと 因 いん 组 、酶促途 と 径 みち 以及生物 せいぶつ 化学 かがく 物 ぶつ 质的 てき 在 ざい 线数据 すえ 库 。其途径 みち 数 すう 据 すえ 库PATHWAY 之 これ 中 ちゅう 记录的 てき 是 ぜ 细胞之 の 中 なか 的 てき 分子 ぶんし 相互 そうご 作用 さよう 网络 以及具体 ぐたい 生物 せいぶつ 所 しょ 特有 とくゆう 的 てき 变化形式 けいしき 。
但 ただし 是 ぜ 它有一 いち 個 こ 缺點 けってん 『無法 むほう 由 よし 網 もう 頁 ぺーじ 介 かい 面 めん 作 さく 進一 しんいち 步 ふ 的 てき 計算 けいさん ,例 れい 如建立 こんりゅう 複雜 ふくざつ 的 てき 調 ちょう 控 ひかえ 網 もう ,或 ある 是 ぜ 找出反應 はんのう 之 の 間 あいだ 可能 かのう 的 てき 交互 こうご 作用 さよう 』。
KEGG数 すう 据 すえ 库项目 め 由 ゆかり 京都大学 きょうとだいがく 化学 かがく 研究所 けんきゅうじょ 教授 きょうじゅ 金久 かねく 实在1995年 ねん 於日本 にっぽん 人類 じんるい 基 もと 因 いん 組 ぐみ 計 けい 劃首 くび 次 じ 提出 ていしゅつ 。[ 1] [ 2]
鑒於電算 でんさん 資源 しげん 可用 かよう 以輔助 すけ 基 もと 因 いん 組 ぐみ 序列 じょれつ 數 すう 據 よりどころ 的 てき 生物 せいぶつ 學 がく 詮 かい 釋 しゃく ,金 きむ 久實 くみ 開始 かいし 研 けん 發 はつ KEGG PATHWAY數 すう 據 よりどころ 庫 こ 。KEGG PATHWAY數 すう 據 よりどころ 庫 こ 由 よし 一系列經人手繪製而成KEGG代謝 たいしゃ 路 ろ 徑 みち 圖 ず 的 てき 構成 こうせい ,以代表 だいひょう 關 せき 於代謝 たいしゃ 以及其他細胞 さいぼう 與 あずか 生物 せいぶつ 機能 きのう 的 てき 實驗 じっけん 成果 せいか 。每 まい 一張路徑圖俱包括了一個分子互動與反應的網絡圖,為 ため 連 れん 繫基因 いん 組 ぐみ 內之基 もと 因 いん 及路徑 みち 所 しょ 示 しめせ 過程 かてい 生成 せいせい 的 てき 基 もと 因 いん 產物 さんぶつ (以蛋白質 たんぱくしつ 為 ため 主 ぬし )而設。此數據 よりどころ 庫 こ 衍生了 りょう KEGG路 ろ 徑 みち 作圖 さくず 的 てき 分析 ぶんせき 步 ふ 驟,將 はた 基 もと 因 いん 組 ぐみ 內的基 もと 因 いん 內容與 あずか KEGG PATHWAY數 すう 據 よりどころ 庫 こ 比 ひ 對 たい ,以調查可能 かのう 在 ざい 基 もと 因 いん 組 ぐみ 中有 ちゅうう 相關 そうかん 紀 き 錄 ろく 的 てき 路 ろ 徑 みち 及其相關 そうかん 功 こう 能 のう 。
開發 かいはつ 者 しゃ 表示 ひょうじ ,KEGG是 ぜ 生物 せいぶつ 系統 けいとう 的 てき 「電腦 でんのう 表 ひょう 達 たち 形式 けいしき 」(computer representation)。[ 3] KEGG將 はた 生物 せいぶつ 系統 けいとう 的 てき 零 れい 件 けん 與 あずか 線路 せんろ 綜合 そうごう 為 ため 一 いち ,具體 ぐたい 而言,其所整合 せいごう 的 てき 是 ぜ 基 もと 因 いん 與 あずか 蛋白質 たんぱくしつ 的 てき 遺傳 いでん 部 ぶ 件 けん 、小 しょう 分子 ぶんし 及化學 がく 反應 はんのう 的 てき 化學 かがく 部 ぶ 件 けん 、以及分子 ぶんし 互動與 あずか 反 はん 應 おう 網 もう 絡 からま 的 てき 線路 せんろ 圖 ず 。此概念 がいねん 於KEGG的 てき 數 すう 據 よりどころ 庫 こ 之 の 下 した ,系統 けいとう 、基 もと 因 いん 組 ぐみ 學 がく 、化學 かがく 、健康 けんこう 資 し 訊的分類 ぶんるい 下 か 得 とく 以實現 じつげん 。[ 4]
系 けい 统信息 いき
PATHWAY — 細胞 さいぼう 與 あずか 生物 せいぶつ 機能 きのう 的 てき 路 みち 徑 みち 圖 ず
MODULE — 基 もと 因 いん 模 も 組 ぐみ 與 あずか 功 こう 能 のう 單位 たんい
BRITE — 生物 せいぶつ 實體 じったい 的 てき 階層 かいそう 分類 ぶんるい
基 もと 因 いん 组信息 いき
GENOME — 基 もと 因 いん 組 ぐみ 全體 ぜんたい
GENES — 基 もと 因 いん 組 ぐみ 全域 ぜんいき 的 てき 基 もと 因 いん 與 あずか 蛋白 たんぱく 列 れつ 表 ひょう
ORTHOLOGY — 基 もと 因 いん 組 ぐみ 全域 ぜんいき 的 てき 基 もと 因 いん 直系 ちょっけい 同 どう 源 みなもと 組 くみ 別 べつ
化学 かがく 信 しん 息 いき
健康 けんこう 信 しんじ 息 いき
^ Kanehisa M, Goto S. KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes . Nucleic Acids Res. 2000, 28 (1): 27–30. PMC 102409 . PMID 10592173 . doi:10.1093/nar/28.1.27 .
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^ Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S, Katayama T, Araki M, Hirakawa M. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG . Nucleic Acids Res. 2006, 34 (Database issue): D354–7. PMC 1347464 . PMID 16381885 . doi:10.1093/nar/gkj102 .
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