2007年10月10日発売号をもって休刊した『電撃hp』の後継誌として2007年12月10日に創刊された。創刊号『電撃文庫MAGAZINE プロローグ1』の表紙はいとうのいぢが担当した。
『電撃hp』の編集体制および一部コンテンツを引き継いでおり、電撃文庫の作家達が作品を掲載している。『電撃文庫MAGAZINE』の名前が示すように、書籍扱いであった『電撃hp』とは異なり、ISBNが付かない雑誌扱いである。
『プロローグ1』および『プロローグ2』（2008年2月9日発売）については『月刊コミック電撃大王』の増刊号として発行されたが、2008年4月10日発売分（2008年5月号）から独立創刊された。
創刊以来、偶数月10日発売の隔月刊だったが、2019年7月10日発売のVol.68（2019年8月号）より、1・4・7・10月の10日発売の季刊へ移行している。
2020年4月10日発売の5月号をもって休刊した。理由は読者のニーズが多様化し、またスピーディーな情報提供が求められる現在、雑誌としての役目を終えたからとしている[1]。全71号。最終号の表紙はabecが担当した。
2014年3月16日より初の電子限定号の配信が開始された。この電子限定号は電撃文庫MAGAZINEをそのまま電子書籍化したものではないものの、電子限定号用に書き下ろしも収録され、また電撃文庫の公式海賊本「パンチラバーズ」が特典として配信された。
創刊10周年を迎えたことを記念し2018年4月25日（Vol.61）より紙雑誌とともにその電子版も発売した。この電子版は付録や一部記事の掲載はないが概ね紙雑誌と同内容である。ただし、発売日は紙雑誌が先で、大体15日後に電子版が配信されていた。
第15回電撃小説大賞より、電撃文庫MAGAZINE賞が設置された。受賞作は『電撃文庫MAGAZINE』に掲載される。
- 第15回（2008年）
- 第16回（2009年）
- 「精恋三国志」奈々愁仁子 - 2010年3月号 (Vol.12) に掲載
- 第17回（2010年）
- 第18回（2011年）
- 「明日から俺らがやってきた」高樹凛 - 2012年3月号掲載（Vol.24）に掲載
- 第19回（2012年）
- 第20回（2013年）
- 「給食争奪戦」アズミ - 2014年3月号（Vol.36）に掲載
- 第21回（2014年）
- 「バリアクラッカー 神の盾の光と影」囲恭之介 - 2015年3月号～7月号（Vol.42～44）に掲載
- 第22回（2015年）
- 「俺たち!! きゅぴきゅぴ♥Qピッツ!!」涙爽創太 - 2016年3月号（Vol.48）別冊付録 『まるごと1冊「第22回電撃小説大賞受賞作」』に掲載
- 第25回（2018年）
- 「折り鶴姫の計算資源」木田寒朗 - 2019年3月号（Vol.66）
電撃MAGAZINE 読者参加企画としてショートストーリーのグランプリを決め、優秀作品を掲載している。
- 電撃リトルリーグ
- 電撃学園物語
- チポケットエンジェル
- 電撃Short3
- 電撃掌編王
- 電撃チャンピオンロード
