(Translated by https://www.hiragana.jp/)
非相同末端結合 - Wikipedia

あいどう末端まったん結合けつごう

あいどう末端まったん結合けつごう(ひそうどうまったんけつごう、non-homologous end joining (NHEJ)) とは、DNAじゅうくさり切断せつだんDNA修復しゅうふくメカニズムのひとつである。DNAまつはし直接ちょくせつつなわせるため、あいどうくみことなり姉妹しまい染色せんしょくぶんからだ必要ひつようとせず、すべての細胞さいぼう周期しゅうきないにおいて機能きのうする一方いっぽう、DNA末端まったん接合せつごうにおいて変異へんいこりやすい[1]。DNA破損はそんしょうじたじゅうくさり切断せつだん修復しゅうふくのほか、抗体こうたい遺伝子いでんしくみえシステムであるV(D)Jぐみえ、クラススイッチくみえでしょうじるDNAじゅうくさり切断せつだん結合けつごうおこな[1]。NHEJは典型てんけいてきなものと(classical NHEJ(C-NHEJ)と、DNA末端まったんのマイクロホモロジーを利用りようする代替だいたいてきなもの(alternative end joining (AEJ)、backup NHEJ (B-NHEJ)もしくはmicrohomology-mediated end joining (MMEJ))に分割ぶんかつされ、ふたつの経路けいろにおいて関係かんけいするタンパク質たんぱくしつことなる[1]

ヒトにおけるNHEJ

編集へんしゅう

ヒトにおけるNHEJはかく生物せいぶつ全体ぜんたい共通きょうつうしたメカニズムをつが、 たとえば酵母こうぼにおいては主要しゅようタンパク質たんぱくしつひとつであるDNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs)が存在そんざいしないという意味いみ多少たしょうことなる[2]。NHEJはみっつのステップに分割ぶんかつでき、たいごう(synapsisもしくはend bridging)、末端まったん処理しょり(end processing)、末端まったん結合けつごう(end joiningもしくはライゲーション)となっている。ヒトのNHEJにおいておもタンパク質たんぱくしつは、Ku70とKu80からなるKu異性いせいりょうたい(Ku)、DNA-PKcs、Artemis、DNA polymerase μみゅー(pol μみゅー)、DNA polymerase λらむだ(pol λらむだ)、XRCC4、DNA ligase IV(LigIV)、XLF/Cernunnos(XLF)、Paralog of XRCC4 and XLF(PAXX)[1][3]だが、ほかにもMRNふく合体がったい[4]、53BP1[5][6]、PNKP、Aprataxin、APLF、TdT, WRNなどのタンパク質たんぱくしつ関係かんけいしていることがられている[1]以下いかべるNHEJのステップは典型てんけいてきなものであり、とき系列けいれつてきにどのタンパク質たんぱくしつがいつ招集しょうしゅうされるか、KuがDNAに結合けつごうすることがNHEJを開始かいしするがねであること以外いがいいまだはっきりとしてない。

たいごう

編集へんしゅう

DNAじゅうくさり切断せつだんによってしょうじたDNAまつはしにKuが結合けつごうし、DNA-PKcsがKu80のC末端まったんにある12ざんもとからなるペプチドをとおしてDNA末端まったん招集しょうしゅうされ、DNA、Ku、DNA-PKcsで構成こうせいされるDNA-PKふく合体がったい(DNA-PK)を形成けいせいする[7][8]。DNA-PK同士どうし相互そうご作用さようすることでDNAまつはしたいあわされ、またたいあわしたDNA-PKは自己じこリン酸化さんかすることでDNAまつはしつぎのステップである末端まったん処理しょり末端まったん結合けつごうのためにアクセス可能かのうとする[9]。なおDNA-PK以外いがいにもXRCC4とXLFのふく合体がったい構成こうせいされるタンパク質たんぱくしつフィラメントもたいごう関係かんけいしているとも報告ほうこくされている[10]。さらにXRCC4とXLFのパラログであるPAXXがKuと相互そうご作用さようすることで、NHEJタンパク質たんぱくしつをDNA損傷そんしょう部分ぶぶん安定あんていさせ、NHEJを促進そくしんすることがられている[3][11][12]

末端まったん処理しょり

編集へんしゅう

DNA末端まったん構造こうぞう破損はそん状況じょうきょうによってことなり、場合ばあいによってはたいあわされたふたつのDNAまつはしがLigIVによって直接ちょくせつ結合けつごう不可能ふかのうなため、ヌクレアーゼやポリメラーゼなどによって処理しょりされる。ArtemisヌクレアーゼはDNA-PKcsとふく合体がったい形成けいせいし、C末端まったんのリン酸化さんかとおして活性かっせいされ、ヘアピンDNAをオープンする機能きのう[13]。またエンドヌクレアーゼ活性かっせいつこともられている[1]相補そうほてきDNAが欠損けっそんしている部分ぶぶんは、pol μみゅーもしくはpol λらむだによって修復しゅうふくされる。これらのポリメラーゼはBRCTドメインをち、Kuおよび(または)LigIV/XRCC4と相互そうご作用さようすることによってDNA末端まったん招集しょうしゅうされる[14]。またearly lymphoid cellにいては、おなじポリメラーゼXファミリーにぞくするTdTもBRCTドメインをとおしてKuとLigIV/XRCC4ふく合体がったい相互そうご作用さようし、V(D)Jぐみえの末端まったん処理しょりステップにおいて機能きのうする[15]ほかにもKu自身じしんリアーゼとして機能きのう[16]、PNKP、Aprataxin、APLFもFHAドメインをとおしてCK2によってリン酸化さんかされたXRCC4と相互そうご作用さようしDNAまつはし処理しょりおこな[1]

末端まったん結合けつごう

編集へんしゅう

DNA末端まったん結合けつごうはLigIV、XRCC4、XLFで構成こうせいされるリガーゼふく合体がったいによっておこなわれる。これらのふく合体がったいはそれぞれのタンパク質たんぱくしつがDNA-PKと相互そうご作用さようすることでDNAまつはし招集しょうしゅうされる。LigIV単体たんたいでDNAリガーゼとして機能きのうするが、XRCC4しではタンパク質たんぱくしつレベルで不安定ふあんていであり、in vivoにおいてつねにLigIV/XRCC4ふく合体がったいとして存在そんざいしているとかんがえられている[17]。またXLFはミスマッチDNAのライゲーション[18]やLigIVのさいアデニル活性かっせい[19][20]などの補佐ほさてき役割やくわりつことがられている。

NHEJタンパク質たんぱくしつ遺伝子いでんし異常いじょうによる遺伝いでんびょう

編集へんしゅう

これまでにDNA-PKcs[21]、LigIV[22]、Artemis[23]、XLF[24]、XRCC4[25][26]遺伝子いでんし異常いじょうによってこされる難病なんびょうられている。

LIG4症候群しょうこうぐん

編集へんしゅう

LIG4遺伝子いでんし変異へんいにより機能きのう低下ていかしたLigIVが翻訳ほんやくされることによってこされる難病なんびょう特徴とくちょうとして小頭こがしらしょう放射線ほうしゃせん感受性かんじゅせい発育はついく遅延ちえん血球けっきゅう減少げんしょう免疫めんえき不全ふぜんなどがられる[23]患者かんじゃによっては重症じゅうしょうふくごうがた免疫めんえき不全ふぜん(SCID)[27][28][29]白血病はっけつびょう[30][31]悪性あくせいリンパ腫りんぱしゅ[32]発症はっしょうする。LIG4症候群しょうこうぐん患者かんじゃ共通きょうつうしてられる症状しょうじょう免疫めんえき不全ふぜんというより、極端きょくたん成長せいちょう阻害そがいであることがられている[33]

引用いんよう文献ぶんけん

編集へんしゅう
  1. ^ a b c d e f g Lieber, M. R. (2010). The mechanism of Double-Strand DNA break repair by the nonhomologous DNA End-Joining pathway. Annual Review of Biochemistry, 79 (1), 181-211. URL https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.052308.093131
  2. ^ Smith, G. C. M., & Jackson, S. P. (1999). The DNA-dependent protein kinase. Genes & Development, 13 (8), 916-934. URL http://genesdev.cshlp.org/content/13/8/916.abstract
  3. ^ a b Ochi, T., Blackford, A. N., Coates, J., Jhujh, S., Mehmood, S., Tamura, N., Travers, J., Wu, Q., Draviam, V. M., Robinson, C. V., Blundell, T. L., Jackson, S. P., Jan. 2015. PAXX, a paralog of XRCC4 and XLF, interacts with ku to promote DNA double-strand break repair. Science 347 (6218), 185-188. URL https://doi.org/10.1126/science.1261971
  4. ^ Williams, G. J., Lees-Miller, S. P., & Tainer, J. A. (2010). Mre11-Rad50-nbs1 conformations and the control of sensing, signaling, and effector responses at DNA double-strand breaks. DNA Repair, 9 (12), 1299-1306. URL https://doi.org/10.1016/j.dnarep.2010.10.001
  5. ^ Dimitrova, N., Chen, Y.-C. M., Spector, D. L., & de Lange, T. (2008). 53BP1 promotes non-homologous end joining of telomeres by increasing chromatin mobility. Nature, 456 (7221), 524-528. URL https://doi.org/10.1038/nature07433
  6. ^ Difilippantonio, S., Gapud, E., Wong, N., Huang, C.-Y. Y., Mahowald, G., Chen, H. T. T., Kruhlak, M. J., Callen, E., Livak, F., Nussenzweig, M. C., Sleckman, B. P., & Nussenzweig, A. (2008). 53BP1 facilitates long-range DNA end-joining during V(D)J recombination. Nature, 456 (7221), 529-533. URL https://doi.org/10.1038/nature07476
  7. ^ Downs, J. A., & Jackson, S. P. (2004). A means to a DNA end: the many roles of ku. Nature Reviews Molecular Cell Biology, 5 (5), 367-378. URL https://doi.org/10.1038/nrm1367
  8. ^ Gell, D., Jackson, S. P., Sep. 1999. Mapping of protein-protein interactions within the DNA-dependent protein kinase complex. Nucleic Acids Research 27 (17), 3494-3502. URL https://doi.org/10.1093/nar/27.17.3494
  9. ^ Neal, J. A., & Meek, K. (2011). Choosing the right path: Does DNA-PK help make the decision? Mutation Research/Fundamental and Molecular Mechanisms of Mutagenesis, 711 (1-2), 73-86. URL https://doi.org/10.1016/j.mrfmmm.2011.02.010
  10. ^ Roy, S., Andres, S. N., Vergnes, A., Neal, J. A., Xu, Y., Yu, Y., Lees-Miller, S. P., Junop, M., Modesti, M., & Meek, K. (2012). XRCC4's interaction with XLF is required for coding (but not signal) end joining. Nucleic Acids Research, 40 (4), 1684-1694. URL https://doi.org/10.1093/nar/gkr1315
  11. ^ Xing, M., Yang, M., Huo, W., Feng, F., Wei, L., Jiang, W., Ning, S., Yan, Z., Li, W., Wang, Q., Hou, M., Dong, C., Guo, R., Gao, G., Ji, J., Zha, S., Lan, L., Liang, H., Xu, D., Feb. 2015. Interactome analysis identifies a new paralogue of XRCC4 in non-homologous end joining DNA repair pathway. Nature Communications 6, 6233+. URL https://doi.org/10.1038/ncomms7233
  12. ^ Craxton, A., Somers, J., Munnur, D., Jukes-Jones, R., Cain, K., Malewicz, M., Mar. 2015. XLS (c9orf142) is a new component of mammalian DNA double-stranded break repair. Cell Death & Differentiation aop (current). URL https://doi.org/10.1038/cdd.2015.22
  13. ^ Ma, Y., Pannicke, U., Schwarz, K., & Lieber, M. R. (2002). Hairpin opening and overhang processing by an Artemis/DNA-dependent protein kinase complex in nonhomologous end joining and V(D)j recombination. Cell, 108 (6), 781-794. URL https://doi.org/10.1016/s0092-8674(02)00671-2
  14. ^ Moon, A. F., Garcia-Diaz, M., Batra, V. K., Beard, W. A., Bebenek, K., Kunkel, T. A., Wilson, S. H., & Pedersen, L. C. (2007). The x family portrait: structural insights into biological functions of x family polymerases. DNA repair, 6 (12), 1709-1725. URL https://doi.org/10.1016/j.dnarep.2007.05.009
  15. ^ Gellert, M. (2002). V(D)j recombination: RAG proteins, repair factors, and regulation. Annual review of biochemistry, 71 , 101-132. URL https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.71.090501.150203
  16. ^ Roberts, S. A., Strande, N., Burkhalter, M. D., Strom, C., Havener, J. M., Hasty, P., & Ramsden, D. A. (2010). Ku is a 5[prime]-dRP/AP lyase that excises nucleotide damage near broken ends. Nature, 464 (7292), 1214-1217.
  17. ^ Bryans, M., Valenzano, M. C., & Stamato, T. D. (1999). Absence of DNA ligase IV protein in XR-1 cells: evidence for stabilization by XRCC4. Mutation Research/DNA Repair, 433 (1), 53-58. URL https://doi.org/10.1016/s0921-8777(98)00063-9
  18. ^ Tsai, C. J., Kim, S. A., & Chu, G. (2007). Cernunnos/XLF promotes the ligation of mismatched and noncohesive DNA ends. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 104 (19), 7851-7856. URL https://doi.org/10.1073/pnas.0702620104
  19. ^ Riballo, E., Woodbine, L., Stiff, T., Walker, S. A., Goodarzi, A. A., & Jeggo, P. A. (2009). XLF-cernunnos promotes DNA ligase IV-XRCC4 re-adenylation following ligation. Nucleic acids research, 37 (2), 482-492. URL https://doi.org/10.1093/nar/gkn957
  20. ^ Chen, X., & Tomkinson, A. E. (2011). Yeast nej1 is a key participant in the initial end binding and final ligation steps of nonhomologous end joining. The Journal of biological chemistry, 286 (6), 4931-4940. URL https://doi.org/10.1074/jbc.m110.195024
  21. ^ van der Burg, M., Ijspeert, H., Verkaik, N. S., Turul, T., Wiegant, W. W., Morotomi-Yano, K., Mari, P.-O. O., Tezcan, I., Chen, D. J., Zdzienicka, M. Z., van Dongen, J. J., & van Gent, D. C. (2009). A DNA-PKcs mutation in a radiosensitive T-B- SCID patient inhibits artemis activation and nonhomologous end-joining. The Journal of clinical investigation, 119 (1), 91-98. URL https://doi.org/10.1172/jci37141
  22. ^ Chistiakov, D. A., Voronova, N. V., & Chistiakov, A. P. (2009). Ligase IV syndrome. European Journal of Medical Genetics, 52 (6), 373-378. URL https://doi.org/10.1016/j.ejmg.2009.05.009
  23. ^ a b Moshous, D., Callebaut, I., de Chasseval, R., Corneo, B., Cavazzana-Calvo, M., Le Deist, F., Tezcan, I., Sanal, O., Bertrand, Y., Philippe, N., Fischer, A., & de Villartay, J.-P. (2001). Artemis, a novel DNA Double-Strand break Repair/V(D)J recombination protein, is mutated in human severe combined immune deficiency. Cell, 105 (2), 177-186. URL http://www.cell.com//abstract/S0092-8674(01)00309-9
  24. ^ Buck, D., Malivert, L., de Chasseval, R., Barraud, A., Fondaneche, M.-C., Sanal, O., Plebani, A., Stephan, J.-L., Hufnagel, M., le Deist, F., Fischer, A., Durandy, A., Jean-Pierre, D., & Revy, P. (2006). Cernunnos, a novel nonhomologous End-Joining factor, is mutated in human immunodeficiency with microcephaly. Cell, 124 (2), 287-299. URL https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.12.030
  25. ^ Shaheen, R., Faqeih, E., Ansari, S., Abdel-Salam, G., Al-Hassnan, Z. N., Al-Shidi, T., Alomar, R., Sogaty, S., Alkuraya, F. S., Feb. 2014. Genomic analysis of primordial dwarfism reveals novel disease genes. Genome Research 24 (2), 291-299. URL https://doi.org/10.1101/gr.160572.113
  26. ^ Murray, J. E., van der Burg, M., IJspeert, H., Carroll, P., Wu, Q., Ochi, T., Leitch, A., Miller, E. S., Kysela, B., Jawad, A., Bottani, A., Brancati, F., Cappa, M., Cormier-Daire, V., Deshpande, C., Faqeih, E. A., Graham, G. E., Ranza, E., Blundell, T. L., Jackson, A. P., Stewart, G. S., Bicknell, L. S., Mar. 2015. Mutations in the NHEJ component XRCC4 cause primordial dwarfism. The American Journal of Human Genetics 96 (3), 412-424. URL https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2015.01.013
  27. ^ Enders, A., Fisch, P., Schwarz, K., Duffner, U., Pannicke, U., Nikolopoulos, E., Peters, A., Orlowska-Volk, M., Schindler, D., Friedrich, W., Selle, B., Niemeyer, C., & Ehl, S. (2006). A severe form of human combined immunodeficiency due to mutations in DNA ligase IV. The Journal of Immunology, 176 (8), 5060-5068. URL http://www.jimmunol.org/content/176/8/5060.abstract
  28. ^ Buck, D., Moshous, D., de Chasseval, R., Ma, Y., Francoise, L. D., Cavazzana-Calvo, M., Fischer, A., Casanova, J.-L., Lieber, M. R., & deVillartay, J.-P. (2006). Severe combined immunodeficiency and microcephaly in siblings with hypomorphic mutations in DNA ligase IV. Eur. J. Immunol., 36 (1), 224-235. URL https://doi.org/10.1002/eji.200535401
  29. ^ Grunebaum, E., Bates, A., & Roifman, C. (2008). Omenn syndrome is associated with mutations in DNA ligase IV. Journal of Allergy and Clinical Immunology, 122 (6), 1219-1220. URL https://doi.org/10.1016/j.jaci.2008.08.031
  30. ^ Riballo, E., Critchlow, S. E., Teo, S. H., Doherty, A. J., Priestley, A., Broughton, B., Kysela, B., Beamish, H., Plowman, N., & Arlett, C. F. (1999). Identification of a defect in DNA ligase IV in a radiosensitive leukaemia patient. Current Biology, 9 (13), 699-S2. URL https://doi.org/10.1016/s0960-9822(99)80311-x
  31. ^ Ben-Omran, T. I., Cerosaletti, K., Concannon, P., Weitzman, S., & Nezarati, M. M. (2005). A patient with mutations in DNA ligase IV: Clinical features and overlap with nijmegen breakage syndrome. Am. J. Med. Genet., 137A (3), 283-287. URL https://doi.org/10.1002/ajmg.a.30869
  32. ^ Toita, N., Hatano, N., Ono, S., Yamada, M., Kobayashi, R., Kobayashi, I., Kawamura, N., Okano, M., Satoh, A., Nakagawa, A., Ohshima, K., Shindoh, M., Takami, T., Kobayashi, K., & Ariga, T. (2007). Epstein-Barr virus-associated b-cell lymphoma in a patient with DNA ligase IV (LIG4) syndrome. Am. J. Med. Genet., 143A (7), 742-745. URL https://doi.org/10.1002/ajmg.a.31644
  33. ^ Murray, J. E., Bicknell, L. S., Yigit, G., Duker, A. L., van Kogelenberg, M., Haghayegh, S., Wieczorek, D., Kayserili, H., Albert, M. H., Wise, C. A., Brandon, J., Kleefstra, T., Warris, A., van der Flier, M., Bamforth, J. S., Doonanco, K., Adès, L., Ma, A., Field, M., Johnson, D., Shackley, F., Firth, H., Woods, C. G., Nürnberg, P., Gatti, R. A., Hurles, M., Bober, M. B., Wollnik, B., Jackson, A. P., Jan. 2014. Extreme growth failure is a common presentation of ligase IV deficiency. Human Mutation 35 (1), 76-85. URL https://doi.org/10.1002/humu.22461