5.25インチのハードディスクドライブ(標準容量は40MBまたは80MB)、オプションで2基目のフロッピーディスクドライブも内蔵できた。同時に発売されたMacintosh SEとともに、 キーボードやマウスの接続用にApple Desktop Bus (ADB) を内蔵した初のMacだった(ADBの内蔵は Apple II GSが最初)。キーボードは別売で、ADB Appleキーボードまたは Apple拡張キーボードを選択できた。また、Macintosh IIは深刻なハードウェアエラーが起きた時にSad Mac(英語版)が表示される初のMacでもある。
Macintosh IIにおける最大の改良点は、Color QuickDrawの搭載だった。ColorQuickDrawはMacintoshでカラー表示を可能にし、さまざまなディスプレイサイズやカラー深度、マルチモニターに対応する、大変革新的なものだった。