OpenMM

OpenMM
作者さくしゃ	パンデ研究けんきゅう室しつ
初版しょはん	2008年ねん9月がつ9日にち (15年ねん前まえ)
最新さいしん版ばん	7.4.2 / 2020年ねん5月がつ26日にち (3年ねん前まえ)
プログラミング; 言語げんご	C, C++, Fortran, Python
対応たいおうOS	Microsoft Windows, macOS, Linux
種別しゅべつ	ライブラリ
ライセンス	MIT。ただしCUDAとOpenCLプラットフォームに関かんしてはLGPL。
公式こうしきサイト	openmm.org
	テンプレートを表示ひょうじ

OpenMMは、分子ぶんし動力どうりょく学がくシミュレーションのためのオープンソースのライブラリであり^[1]、パンデ研究けんきゅう室しつ^[2]によって管理かんりされている^[3]。Python、C++、Fortranなどの言語げんごに対応たいおうしており、GPUで高速こうそく化かする機能きのうを持もっている。また、AMOEBA、GROMACS、AMBERなどの他ほかの分子ぶんしシミュレーションツールとのインタフェースも可能かのうである。スタンフォード大学だいがくの研究けんきゅう者しゃビジェイ・S・パンデが作成さくせいしたこのプロジェクトは、GitHubで自由じゆうに利用りようできるようになっている^[4]。

プログラムの歴史れきし[編集へんしゅう]

プログラムの最初さいしょのバージョンであるプレビューリリース1は2008年ねん9月がつにリリースされ^[5]、最初さいしょの安定あんてい版ばんである1.0は2010年ねん1月がつにリリースされ^[6]、すでにOpenCLとCUDA GPU言語げんごのサポートが含ふくまれている^[7]。最終さいしゅう公開こうかいバージョンは2020年ねん5月がつの7.4.2である^[8]。

目的もくてき[編集へんしゅう]

OpenMMライブラリは、その柔軟じゅうなん性せいと精度せいどの高たかさから、理論りろん化学かがくからアルツハイマー病びょうやハンチントン病びょうなどの病気びょうきの研究けんきゅうまで、様々さまざまな分野ぶんやの研究けんきゅうに利用りようされている^[9]。

脚注きゃくちゅう[編集へんしゅう]

^ P. Eastman, J. Swails, J. D. Chodera, R. T. McGibbon, Y. Zhao, K. A. Beauchamp, L.-P. Wang, A. C. Simmonett, M. P. Harrigan, C. D. Stern, R. P. Wiewiora, B. R. Brooks, and V. S. Pande. (2017). “OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics.”. PLOS Comp. Biol. 13(7): e1005659. doi:10.1371/journal.pcbi.1005659.
^ “Pande Lab - Vijay Pande's Lab at Stanford University”. 2017年ねん9月がつ11日にち時点じてんのオリジナルよりアーカイブ。2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。
^ “OpenMM”. 2020年ねん7月がつ18日にち閲覧えつらん。
^ “OpenMM GitHub repo”. 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。
^ “OpenMM Preview Release Now Available” (2008年ねん9月がつ9日にち). 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。
^ “Major Milestone for OpenMM: v1.0 Released” (2010年ねん1月がつ21日にち). 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。
^ “OpenMM Developer Guide”. 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。
^ “OpenMM 7.4.2” (2020年ねん5月がつ26日にち). 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。
^ “Papers & Results”. 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。 “Here are our peer-reviewed results from Folding@home. (Folding@homeによるピアレビューの結果けっか)”
^ “OpenMM” (2007年ねん11月6日にち). 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。

[1] P. Eastman, J. Swails, J. D. Chodera, R. T. McGibbon, Y. Zhao, K. A. Beauchamp, L.-P. Wang, A. C. Simmonett, M. P. Harrigan, C. D. Stern, R. P. Wiewiora, B. R. Brooks, and V. S. Pande. (2017). “OpenMM 7: Rapid development of high performance algorithms for molecular dynamics.”. PLOS Comp. Biol. 13(7): e1005659. doi:10.1371/journal.pcbi.1005659.

[2] “Pande Lab - Vijay Pande's Lab at Stanford University”. 2017年ねん9月がつ11日にち時点じてんのオリジナルよりアーカイブ。2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。

[3] “OpenMM”. 2020年ねん7月がつ18日にち閲覧えつらん。

[4] “OpenMM GitHub repo”. 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。

[5] “OpenMM Preview Release Now Available” (2008年ねん9月がつ9日にち). 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。

[6] “Major Milestone for OpenMM: v1.0 Released” (2010年ねん1月がつ21日にち). 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。

[7] “OpenMM Developer Guide”. 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。

[8] “OpenMM 7.4.2” (2020年ねん5月がつ26日にち). 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。

[9] “Papers & Results”. 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。 “Here are our peer-reviewed results from Folding@home. (Folding@homeによるピアレビューの結果けっか)”

[10] “OpenMM” (2007年ねん11月6日にち). 2020年ねん7月がつ19日にち閲覧えつらん。

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

プログラムの歴史れきし[編集へんしゅう]

目的もくてき[編集へんしゅう]

関連かんれん項目こうもく[編集へんしゅう]

脚注きゃくちゅう[編集へんしゅう]