1880年9月11日，孔祥熙生於山西太谷縣。父親孔繁慈（1861年-1911年）是貢生，以教書為生。孔祥熙在虛歲10歲以前隨父親讀書。1889年，孔祥熙患上流行性腮腺炎，病情反复，求救於丁嘉立在太谷開設的仁術醫院得以痊癒。1890年，孔祥熙進入教會所辦之華美公學。1894年，畢業後到美国华北公理會於直隸通州開設的潞河書院就讀，並且受洗成為教徒。
1900年，爆發義和團運動，20歲的孔祥熙暫時回到家鄉。在山西巡撫毓賢唆使下，義和團焚燒教堂，屠殺教民。原本在太谷縣的傳教士及教徒被殺。孔祥熙及家人依靠鄉親收容方才脫險。義和團被鎮壓後，孔祥熙協助教徒後事，並且聯絡和幫助教會進行之後的善後工作。1905年，孔祥熙於俄亥俄州欧柏林学院畢業，之後進入耶魯大學，主修礦物學。
1907年，取得碩士學位。同年回到中國，在家鄉太谷縣在公理會的協助之下創辦銘賢學堂。學堂包括中小學，孔祥熙自任校長，部分科目由公理會傳教士任教。
1908年，29歲的孔祥熙和其在潞河書院就讀的女同學韓玉梅結為夫妻。不料四年後，韓玉梅因肺結核去世，死時還不到30歲，兩人沒有生下兒女。
1911年辛亥革命爆發，孔祥熙調集太谷縣的商團及銘賢學堂學生，組成民團負責地方秩序，之後被推舉為山西中路民軍總司令，至1912年南北議和後去職。
孔祥熙辦教育時同時營商，1912年獲得英國亞細亞殼牌火油公司在山西的獨家代理權，經營煤油買賣，當時山西居民多用燈油照明，孔為使煤油打入市場，打出買煤油，送煤油燈的優惠，當地民眾爭相搶購，由此獲利甚豐。
1913年，孔祥熙應邀去日本，擔任「中華留日基督教青年會」總幹事。在東京期間，為孫中山的中華革命黨籌集經費；並曾為孫中山處理文件，結識時任孫中山英文秘書宋靄齡。1914年春天，孔祥熙與宋靄齡於日本橫濱結婚。孔祥熙比宋靄齡大9歲。1915年，孔祥熙夫妻二人回到山西，孔祥熙繼續經商和辦教育。之後被山西督軍兼省長閻錫山聘為參議。
1923年，應邀任中俄交涉駐奉天代表，並替孫中山聯絡各北方將領，曾与冯玉祥会面，为其带去了《建国大纲》等孙中山政治著作。
1925年3月，孫中山在北京逝世，孔祥熙是總理遺囑的見證人之一。
1926年，孔祥熙到美國為銘賢學堂開辦大學部籌款，並且接受歐伯林學院贈與的名譽博士學位。
1926年，孔祥熙回廣州，任國民政府廣東省財政廳長，兼理後方財務。1927年，蔣介石在上海清黨後，孔祥熙協助蔣介石在上海拉攏各方勢力。1928年，孔祥熙任南京國民政府工商部長。1930年，改為國民政府實業部長。
1931年九一八事變後，蔣介石辭去國民政府主席，孔祥熙亦同時請辭。
1932年，奉命到歐美考察，同時祕密向德意志國和意大利王國購入武器。
1933年4月6日，回國後，孔祥熙被任命為中央銀行總裁。
1933年10月，由於1933年的財政部已發行公債140000萬多元[1]:737，此事加深部長宋子文與上海金融家之矛盾，吃力於籌劃公債還本付息和開發財源，因此與蔣介石在軍費及預算問題上激烈衝突，蔣介石只好讓孔祥熙接替宋子文[1]:737，於是宋子文辭去財政部長。1933年11月1日，由孔祥熙同時兼任行政院副院長及財政部長[1]:737。孔接任時，「國庫每月收入1500餘萬元，支出2200餘萬元，其中軍費一項每月即達1800萬元，每月不敷數目約800萬元之譜。庫存僅有現金300萬元及尚未發行的公債庫券2700餘萬元，黃金外匯全無。即使2700餘萬元的公債能全部順利發行，也不過維持三個月的開支而已。宋子文認為：「三個月之後，國民政府的財政，就要垮得一塌糊塗，不可收拾」[2]:83-84。孔祥熙上任財政部部長初期，即以改革稅收，加強以財政控制地方和減輕民困，此外還整理政府債務。此等舉措，使國民政府得以以國家資本控制金融市場，不但為當時的軍事行動提供財源，亦為之後抗戰提供財政基礎。之後孔祥熙一路擔任財政部部長一職，一直到1944年卸任。
1933年，為挽救國民政府財政窘迫之情況下，孔祥熙受命接任中央銀行總裁及財政部長。[1]:737孔與蔣、宋子文在武漢開會密商，決定對中國銀行和交通銀行增資改組，提高中央銀行地位。[1]:737-738
1935年初，孔開始面臨新財政危機，美國白銀政策威脅孔所施行之赤字財政政策。[1]:738由於貨幣市場緊張，上海金融界不願意認購政府新公債，而中央銀行負擔極大。[1]:738在此情形下，中國銀行總經理張公權反對孔之赤字財政政策，且在財政危急時，中國銀行與交通銀行聯合拒絕以財力支援孔，使孔很惱怒。[1]:738
1935年3月23日，孔突然宣布，政府將要對中國銀行與交通銀行實行管制，要求兩行增發股票，要把兩行之控制權交給政府[3]。起初，孔企圖使中國銀行資本股額變為國家資本佔30萬股，私人資本佔20萬股，每股100元，但江浙資本集團反對。[1]:738經過討價還價，最後是國家與私人資本各佔20萬股，使資本總額達到4000萬元[4]。在向中國銀行與交通銀行強行增資同時，孔宣布由宋子文接任中國銀行董事長和總經理（後來為拉攏江浙資本集團，宋子文只任董事長，總經理由江浙資本集團之宋漢章擔任）。[1]:739
1935年6月3日，財政部次長（原為錢幣司司長）徐堪，奉命擬定法幣政策條文。[1]:76311月3日下午4時，財政部長孔祥熙在上海財政部辦事處，召集銀行界領袖開會，討論改善金融，鞏固幣制，實行新貨幣政策之辦法，至晚上9時結束。[1]:764會後即頒布實施徐堪擬定之《緊急安定貨幣金融辦法》，就是《財政部改革幣制令》[1]:764：「一、自本年十一月四日起，以中央、中國、交通三銀行所發行之鈔票定為法幣。……四、凡銀錢、行號、商店及其他公私機關或個人，持有銀本位幣或其他銀幣、生銀等銀類者，應自十一月四日起，交由發行準備管理委員會或其指定之銀行，兌換法幣。……」[5]《財政部改革幣制布告》還談到：「中央銀行之組織，亦將力求改善，以盡銀行之職務。……」[6]11月4日凌晨，為減少商民之疑慮，孔發表談話，說明實施法幣之原因和目的，並布告實施法幣政策。[1]:765
1936年西安事變時，孔祥熙力主和平解決。抗戰開始以後，孔更曾一度任行政院長。抗戰初期，各界對孔的財政政策尚無大怨言；但到了抗戰後期，民間對孔祥熙及其家屬亦官亦商，利用權力進行投機及發展私人資本大感不滿。而美國人亦留意到孔家不正常的斂財手法。
1937年，孔祥熙任行政院副院長兼財政部長任內，代表政府參加英王加冕典禮，並順道赴歐洲各國考察經濟現況。1944年7月作为中国代表参与布雷顿森林会议。
1944年，傅斯年在國民參政會上，向行政院院長孔祥熙發難，揭發其在發行美金公債中貪污舞弊。不久，孔被免去財政部長職位。1945年，孔再辭去行政院副院長及中央銀行總裁。1947年，以宋靄齡病重為由赴美國定居。1948年，辭去最後的中國銀行董事長職，被蔣中正聘為首批總統府資政。1962年後，曾赴台灣暫住，據周宏濤回憶錄載，他是意欲安排長子孔令侃出任財政部長。
1965年10月27日，蔣經國函電宋美齡：
「姨丈之健康情況並不嚴重故未報告今據熊醫官云現正在康復中請勿懸念兒將經常與醫生保持聯繫」[7]:256
1967年8月15日，孔祥熙在紐約心臟病發去世，蔣介石發表〈孔庸之先生事略〉悼文，並派宋美齡和蔣緯國率領一支5人儀仗隊，搭乘專機赴美參加葬禮，台北官方並舉行隆重追悼會[8]，葬於紐約州的芬克里夫墓園。8月18日，蔣經國函電宋美齡：「此時大人想已安抵紐約兒因遠在國內未能參加姨丈喪禮至感不安請代問候姨母並向令儀令侃令偉令傑致意孝勇已去日月潭陪侍父親此間一切如常請勿念敬請福安兒」[7]:315。蔣介石撰寫〈孔庸之先生事略〉稱：「……第二次世界大戰告終，即我抗戰結束之初，共匪乃千方百計，造謠惑眾，動搖中外輿論，企圖推倒我國民政府者，必先推倒我財經當局之陰謀，於是其矛頭乃集中於庸之先生之一人，使其無法久安於位，而不得不出於辭職之一途，惟當其正式交卸其後任時，其在國庫者，實存有外匯九億餘萬美元，而其他金銀鎳等各種硬幣，所值美金一億三千萬餘元，尚不在此數之內，以上兩項合計，實值美金十億美元以上，乃可謂中國財政有史以來唯一輝煌之政績。在庸之先生功成身退之時，雖遭中外誹謗，所謂中國政府貪污無能之共匪謠諑，社會之中，亦竟有受此影響而多存懷疑之心者，至此當可以事實證明，其為貪污乎？其為清廉乎？其為無能乎？其為有能乎？自不待明辯而曉然矣！然當其辭職以後，國家之財政經濟與金融事業，竟皆由此江河日下，一落千丈，卒至不可收拾，於是未及三年，共匪之陰謀達成，而我國家與民族，至今竟蒙此空前之浩劫，政府與人民且遭受如此奇恥大辱，更足證明孔前院長在其任職期間，自北伐剿共以至抗戰勝利為止之二十年中，不辭勞怨，不辯枉屈，而一心竭智盡瘁，報效黨國，其革命之精神，自足為吾輩與後世崇敬難忘者也。」[9]:27
