一早起床的小智由於睡過頭，因此在抵達大木研究所時，初學者用的寶可夢全被新手訓練家領走，只剩一隻皮卡丘能讓他領取。由於一開始皮卡丘完全不肯服從小智的命令，小智唯有靠自己收服寶可夢，連續收服2隻波波失敗，就在小智以擲石攻擊波波，命中目標時，驚覺那不是波波，而是烈雀。小智及皮卡丘遭受烈雀群襲擊，慌忙逃走。其間一個女子在釣魚期間拯救了他們，小智按她的指示，向常磐市衝去，但被烈雀群追上，此時皮卡丘已受重傷，為了救牠，小智犧牲自己，抵擋烈雀群。皮卡丘眼見小智捨身相救，終於明白小智對牠的愛護及好意，就在烈雀群即將擊中小智的千鈞一髮之際，牠衝到小智面前，並使出強烈的「打雷」絕招。
成功把烈雀群趕走後，小智和皮卡丘亦成為好友。此時小智及皮卡丘遇見了一隻神秘的寶可夢（大木博士不敢相信），是後來小智估計的鳳王（由於當時金銀版還未推出，因此其名字要在後期才能知道）。而鳳王只會出現在真心照顧寶可夢的人的眼前，事件亦描繪出小智對寶可夢們非常愛護：為了保護他的寶可夢，他可以連自己的性命也不顧。在旅程中，鳳王多次在小智面前出現。
之後小智和拯救他及皮卡丘的女子─小霞結伴同行，其後認識尼比道館訓練家小剛，道館挑戰賽後，小剛加入成為新的同伴。
然而一開始小智的技巧可說是極為生疏，依憑運氣才收服到他第一隻寶可夢，對戰上也不夠熟練，運氣好的是在挑戰最初的幾個道館時常因一些事故而直接獲得徽章，而在這段期間內小智的實力也逐漸成長，最後成功以自己的力量收齊徽章，參加石英聯盟。在第一次參加的石英聯盟時由初賽出線至淘汰賽，16強止步，以首次參加聯盟大會的訓練家來說是不錯的成績，也比勁敵小茂更好。
回到真新鎮後，他為了替大木博士拿GS球而前往橘子群島，並在一時興起下決定挑戰橘子聯盟[26]。旅行剛開始，小智一行人來到內木研究所，然而這裡令小剛燃起濃厚的興趣，並毅然決定留在內木研究所幫忙，而小智與小霞也決定跟他道別[26]。小剛離隊後沒多久兩人結識寶可夢觀察家兼大木博士的忠實粉絲－小建，由於得知兩人與大木博士熟識，便決定跟著他們一起旅行，橘子群島的旅程在此刻才正式展開。
最終小智在勝利者盃大獲全勝，從橘子群島回來後，與一直以來視為勁敵的小茂首度交鋒，雙方派出自己最自豪的寶可夢－皮卡丘對抗伊布，一番苦戰後小智戰敗，對小茂誓言下次絕不會再輸，也決定要挑戰城都聯盟。另外，原本留在內木研究所幫忙的小剛突然率先回來，詳細經過不明（一旦在他面前提起「內木」兩個字就會變得失魂落魄，問起原因他也死都不肯回答），而一直跟著小智在橘子群島旅行的小建也決定留在大木研究所擔任助手，不再旅行，同時小剛再度回歸隊伍，三人就此往城都地方出發。
在城都聯盟白銀大會16強中，小智再度與小茂決戰，這場6對6全面對戰，雙方都以最強的陣容來應戰。最後的殊死鬥，小智的噴火龍對小茂最強的水箭龜，小智利用對戰場地，噴火龍用「過熱」熔化場地，水箭龜的「水炮」令場地滿佈蒸氣。噴火龍乘機接近水箭龜，貼身混戰後，水箭龜失去戰鬥能力，小智以6比5打敗小茂晉級。
但是到了8強與來自豐緣地區的葉越交手時，葉越充滿特性的寶可夢使小智陷入危機，小智和葉越激戰後派出最後僅餘仍能作戰的寶可夢－噴火龍和火焰雞作為兩人之間的殊死鬥，最後噴火龍和火焰雞雖一同站起，但噴火龍嘗試再用「噴射火焰」時倒下並失去戰鬥能力，小智以5比6戰敗，8強止步。另外，雖然葉越打敗小智進入4強，可惜他的火焰雞已受重傷，沒有派牠上場，最終敗給來自櫻桃鎮的選手杜舍，4強止步。
白銀大會最後在杜舍獲得優勝的結局下閉幕，小智與必須回家的小霞和小剛告別，重回真新鎮的小智想著自己從未到過的豐緣地區，決定為了重新出發，於是只帶著皮卡丘前往豐緣地區。
到達未白鎮後，小智採納葉越的建議，先步行至古辰鎮尋找豐緣地方的名研究員－小田卷博士，在此同時、小遙也正好前往，小智因此在小田卷研究所認識了新人協調訓練家小遙和其弟弟小勝，後來小剛再次加入，4人結伴並展開全新的冒險─豐緣之旅。另外、小遙在凱那市首次參加華麗大賽，雖然不幸戰敗，但也因此找到了目標─參加華麗大型慶典。4人旅行的途中還遇上豐緣地方兩大邪惡組織：水艦隊與火岩隊，有時他們也加入阻止這兩大邪惡組織的計畫。
在彩幽大會時卻以5比6敗給哲也，再度於8強出局，並在最後以哲也獲得優勝的結局下閉幕，一行人踏上歸途，在通往橙華市的岔路上告別了小遙姐弟，而在回到關都地方之後再度與要回到尼比市到小剛道別，獨自一人向著真新鎮前進。
從豐緣地區回程路過常磐市時遇見了對戰開拓區的董事長亞希達，得知了對戰開拓區的存在。回到真新鎮不久便與跟著小田卷博士來到關都的小勝再會、另外還有小霞，翌日小遙也來到了真新鎮，重逢的一夥人在寒暄幾句並且舉辦完寶可夢迎新會後，小智表明要出發挑戰對戰開拓區，而小遙也打算挑戰關都地方的華麗大賽，三人便與趕過來的小剛再度結伴踏上旅行。小霞也短暫跟著同行，到了月見山才向小智四人道別。
成功稱霸對戰開拓區後，他婉拒了亞希達要他成為開拓之腦的邀請。旅程接近尾聲，小遙與小勝為了回到豐緣地區，一行人來到港都梣木鎮，與小遙一同參加祭典活動所舉辦的寶可夢華麗大賽，兩人漂亮通過第一次審查，演變成兩人爭奪第一的局面，最後以共同獲勝為結局，而只有一面的梣木獎牌在兩人的默契下一分為二，各拿一半作為共同優勝的證明，在日後個別的旅程中也當作友誼與回憶的象徵帶在身上做為護身符。在送走小遙姐弟前與小勝約定，當小勝成為寶可夢訓練家的那一天一定與他對戰。在望著小遙姐弟倆所搭乘的船遠行後，小智與小剛往家鄉的方向前進，終於到了往真新鎮與尼比市的岔路口，小智第三度與小剛道別，獨自返回真新鎮。
在回程途中，他遇到剛從神奧地區回來的小茂，小茂在神奧地方收服的的電擊魔獸輕易把火箭隊打飛，在回到真新鎮後2人再度對戰，小茂以電擊魔獸擊敗小智的皮卡丘，令小智感受到神奧地方這未知領域的衝擊，為展開新的旅程，小智在翌日便出發，搭船前往神奧地區。
在小智剛到達神奧地區時就遭到火箭隊襲擊，因而與皮卡丘失散，在尋找的過程中再度遇上小剛，兩人便一同行動。不久遇上一位帶著電擊怪訓練家，他以寶可夢的強弱而決定捕獲目標的態度使小智感到非常反感，在那位訓練家提出與小智進行對戰，但因小智的寶可夢數目不足作罷。
之後結識救了皮卡丘的當地的新人協調訓練家小光及她的首隻寶可夢波加曼，事後在小光的提議下，三人結伴同行，展開神奧之旅。不過就在旅程即將開始之際，那位訓練家—真司，出現於眾人面前，再度要求與小智進行3對3的對戰。小智和真司的第1次戰鬥，在研究所的後院草地開始，戰鬥以賽和告終。真司因對姆克兒的能力不滿而把牠野放，這令小智感到十分憤怒，於是各自為證明培養寶可夢方法的對與錯，在往後的日子以此為目標而努力。
當小智取得7枚神奧地方徽章時，在雷司的提議下，小智與真司在睿智湖為各自對培養寶可夢的理念而進行6對6全體戰。但真司的戰術，加上小智一次次的戰術失誤，令真司取得壓倒性優勢。在小火焰猴進化成猛火猴的情況下，小智仍不能挽回敗局：猛火猴的「音速拳」對電擊獸的「雷光掌」，最後猛火猴失去戰鬥能力，小智以2比6慘敗收場。壓倒性的戰敗讓小智感到前所未有的挫折，對自己的努力感到疑問。後來在小光與寶可夢們的鼓勵下，小智重新振作。
終於，小智獲得參加神奧聯盟的資格，在8強時與勁敵真司碰頭，如臨大敵的兩人為自身的理念進行終極決戰。有史以來最長的6對6全體戰展開，激戰連場，最後是由小智的烈焰猴對真司的電擊魔獸進行最終戰，電擊魔獸的「打雷」令烈焰猴倒下，正以為烈焰猴敗陣之際，烈焰猴突然發動特性「猛火」，向真司展現其一直以來所付出的努力：烈焰猴的「爆炎電擊」對電擊魔獸的「雷光掌」，最後電擊魔獸失去戰鬥能力，小智終於以6比5戰勝真司，一雪前恥。
終於認同彼此實力、由水火不相容變為互相尊重的兩人，道別後繼續向前邁進。這場對戰終於打破以往在城都及豐緣聯盟8強止步的宿命，是有史以來首次打進前4強，也與勁敵真司了斷後，於準決賽與達克多決戰。在達克萊伊的「黑洞」催眠下，戰況極速陷入一面倒的局面，但在蜥蜴王不懈的努力下，成功擊敗達克萊伊，迫使達克多首次在大會上拿出第2隻寶可夢，然而達克多派出的拉帝歐斯使小智再度陷入危機，最後以皮卡丘與拉帝歐斯同時失去戰鬥能力結束對戰，由於小智已經失去所有的寶可夢，達克多依舊大勝，勝負為2比6，小智慘敗並4強止步。
鈴蘭大會最後在達克多獲得優勝的結局下閉幕，小智一行人離開了鈴蘭島、回到位於雙葉鎮的小光家居留，雖然小光有意前往關都地區，但由於捲捲耳因受邀至緣之市而無法前往。在三人想好未來的路後，小智與小剛向小光告別並在碼頭搭船離開，到了真新鎮與尼比市的岔路口後，小智第四度與小剛道別，獨自返回真新鎮。
大木博士要出席一場在合眾地區的學術研討會，而他邀請小智與其母花子一同前往，在這機會下小智和皮卡丘前往新的大地，展開合眾之旅，地點為合眾地區名研究員-紅豆杉博士所在的鹿子鎮。小智也結識了新人訓練家修帝，但皮卡丘在捷克羅姆影響下無法使用電系絕招，導致小智在和修帝的首次對戰恥辱式落敗。
其後皮卡丘恢復使用電系絕招的能力，小智和牠正式出發，途中意外結識來自龍之鄉的野性少女艾莉絲及她的寶可夢牙牙，兩人的目的地剛好相同而一同行動。在兩人到達三曜市之後，小智就立刻向道館挑戰，而遇見了道館訓練家天桐三兄弟，在小智的要求下分別於三人各打一場來進行道館賽，最後小智以兩勝一負得到第一個合眾地區的徽章。而在要離開三曜市時，天桐決定要出外旅行增廣見聞，後來艾莉絲與天桐正式加入小智的旅行行列，一同展開旅程。
小智取得8枚合眾地區的道館徽章，因合眾聯盟時間未到，小智決定為在合眾聯盟奪冠而進行修練，然而就在想不到修行地點時巧遇神奧聯盟的冠軍竹蘭，得知了即將在東合眾舉辦的寶可夢世界錦標賽青少年盃，而優勝者能得到與合眾聯盟的冠軍阿戴克對戰的權利。聽到這項消息的小智等人決議參賽，與竹蘭一同前往東合眾，在竹蘭的別墅中與小光意外重逢，原來她為觀光而與竹蘭一同來到合眾地方，同時也為參加青少年盃而到東合眾。在將艾莉絲與天桐介紹給小光認識後，四人就一起為優勝而修行。
小智在青少年盃一路晉級到決賽，以炒炒豬對上修帝的君主蛇，雖佔了屬性優勢，但在君主蛇無與倫比的速度與力量下又一次戰敗，同時修帝也終於能跟夢寐以求的阿戴克對戰，在決戰上他以最強大的君主蛇迎戰阿戴克的爆爆頭水牛，雖然很努力地迎戰，但是卻被爆爆頭水牛一擊擊敗。青少年盃結束後，小光為參加在城都地方舉辦的米可利盃而與小智等人再度告別，而小智也為參加合眾聯盟準備前往檜垣市。
在檜垣市與各個立志參加合眾聯盟的勁敵們齊聚一堂，還再遇在青少年盃結束後才遲到出現、個性糊塗脫線的訓練家虎徹，在急忙地把忘了登記的他拉去登記參賽後，一行人期待已久的檜垣大會便在翌日開幕。小智於預賽第一輪便對上勁敵修帝，以皮卡丘迎戰修帝最強大的的君主蛇，一番激戰的最後皮卡丘終於擊敗君主蛇，小智總算復仇成功，戰勝了一直以來多次擊敗自己的修帝。
隨後小智在16強賽事亦擊敗另一勁敵肯尼洋，後在8強賽事對上虎徹，但沒想到平時善忘、冒失的他，實力卻是意外驚人，輕敵的小智剛開局便因為他作為秘密武器的三頭龍猛烈進攻下陷入苦戰，迅速失去兩隻寶可夢，雖然小智以炒炒豬打敗三頭龍後一度搶回主導，但是虎徹的第5隻寶可夢（因為虎徹記錯全體戰的數量，所以這也是他的最後一隻）利歐路的強大實力，再加上利歐路突然進化成路卡利歐，使局面再度逆轉。在轟隆雉雞與藤藤蛇被擊敗後，陷入出局邊緣的小智只好用體力透支的皮卡丘孤注一擲，雙方進行了一番激烈的對戰，最後路卡利歐的「波導彈」突破皮卡丘的「電球」，皮卡丘不支倒地而失去戰鬥能力，小智以5比6戰敗，第三次8強止步。另外，雖然虎徹打敗小智進入4強，可惜他的路卡利歐最終不敵巴吉爾的火伊布，4強止步。
檜垣大會最後在巴吉爾獲得優勝的結局下閉幕，勁敵們一個個為了下個目標而相繼離開了檜垣市。曲終人散後，一臉迷惘的小智獨自走到寂靜無人的比賽場館中，回想在合眾地區旅行的經歷，思考到自己旅行多時究竟付出了多少、得到了甚麼。他在日出中下定決心，朝下個旅程前進，沒有讓聯盟的失敗把自己擊潰。
翌日，小智一行人先回到紅豆杉研究所，報告本次旅行狀況，並商討接下來的旅行目標，三人皆認為自己的目標尚未達成，決議要繼續留在合眾地區一同旅行；同時紅豆杉博士的爸爸傳來消息，說在雪花市附近的龍螺旋之塔區域深處發現了與傳說寶可夢萊希拉姆有關的白色遺跡，三人立刻燃起濃厚的興趣，代替忙於研究的紅豆杉博士搭上前往檜扇市的船，以此作為繼續留在合眾地區的目的，再一次踏上旅程。期間遇見電漿隊首領魁奇思的養子N，亦要面對電漿團的來襲。同時噴火龍受訓完畢、強勢回歸。雖然電漿隊的強大火力仍然把小智等人與N重重包圍，不過在小智與N兩人鍥而不捨的努力下，成功粉碎電漿隊的陰謀。
電漿團全體被逮捕後，小智一行人再度回到紅豆杉研究所，小智決定返回真新鎮，而艾莉絲與天桐也立即表示有意前往關都地區，同時紅豆杉博士也向三人道出著名觀光旅遊勝地－杰可羅拉群島的存在，接著三人就在紅豆杉博士的建議下一同搭上行經杰可羅拉群島、開往關都地區的豪華郵輪，正式告別離開了合眾地區。途中與來自卡洛斯地區的記者三色堇結識，由於她的目的地也是關都地區，三人就讓她跟著一起旅行，形成四人同行的杰可羅拉群島之旅。
旅程結束，到達枯葉市後第一次遠離家鄉的艾莉絲與天桐難掩興奮之情，艾莉絲馬上就迫不及待地想前往煙墨市向小樁挑戰，而天桐則想要到豐緣地區武鬥島上的武鬥鎮參加哈奇老人舉辦的釣魚比賽，然後三色堇建議兩人可在有火車站的金黃市搭車過去，看著兩人已經決定接下來的目的地，小智雖然有著些微的感嘆，但還是前去金黃市為他們送行。離別的時候到了，在開往滿金市的月台上三人坦言對至今的旅程感到非常滿意，接著艾莉絲與天桐的身影就隨著磁浮列車漸漸遠離了，小智回想著三人一路走來的各種回憶，隨後就與三色堇往真新鎮的方向踏上了歸途。
回到真新鎮後小智先到家中與媽媽重逢，爾後隨即前往大木研究所，集結在合眾地區一同旅行的寶可夢們，對牠們一路的陪伴感到由衷的感謝，想到至今結識的每個人現在都正在朝自己的夢想努力，小智也決定繼續向下一個目標前進。翌日一早，小智帶著皮卡丘跟著三色堇搭乘前往卡洛斯地區的飛機，展開全新的冒險。
抵達密阿雷市後，小智告別三色堇，立刻前往密阿雷道館挑戰，但因為持有的卡洛斯道館徽章不足4枚而被驅逐，不過也因而認識了希特隆與柚麗嘉。彼此介紹後小智隨即向希特隆挑戰，正當兩人正打得精彩時遭到火箭隊突襲，在果然翁的絕招「鏡子外衣」和「返拳」把一切攻擊反射下陷入苦戰，後在突然出現的初始寶可夢呱呱泡蛙拔刀相助後將火箭隊擊退，但呱呱泡蛙被反射的電擊系招式擊中而受到重創，小智三人立刻帶著呱呱泡蛙前往布拉塔諾博士的研究所搶救。
在確認呱呱泡蛙脫離危險後，布拉塔諾博士向小智等人介紹他正在研究的「超進化」，然而卻被火箭隊聽到。動起貪念的火箭隊計劃捕捉研究所的寶可夢，但捕捉用的裝置卻使研究所中的烈咬陸鯊發狂，開始失控地四處破壞，小智三人與呱呱泡蛙立刻趕了過去。在稜鏡塔上小智與烈咬陸鯊對峙，就在很不容易把裝置拿下時，皮卡丘卻失足墮下，而小智竟也再次捨身相救，從塔上一躍而下⋯⋯
奇蹟獲救的小智在事後從布拉塔諾博士得到卡洛斯地區的新圖鑑，而呱呱泡蛙也決意跟隨小智。於是他就帶著新夥伴在希特隆的帶領下前去寶可夢中心登記參與卡洛斯聯盟。登記完後希特隆與柚麗嘉表明想跟小智一同旅行的意願，於是三人就正式結伴踏上旅程。小智到達白檀市後，終於遇上三色堇的妹妹紫羅蘭，展開他在卡洛斯地區的首場正式道館賽，但紫羅蘭驚人多變的戰略讓小智輕易地陷入劣勢，令小智的皮卡丘與小箭雀先後失去戰鬥能力，導致小智在白檀道館賽慘敗。
正當他為如何克服種種始料不及的戰術而費煞思量之時，一位名為莎莉娜的少女拿著小智遺下在道館的背包，出現在他的眼前。莎莉娜說出自己兒時參加過大木博士在真新鎮舉辦的寶可夢夏令營，與小智曾見過面，但小智似乎忘記了這回事。對此莎莉娜雖然感到些微挫折，不過她馬上就鼓勵小智，希望他成功打贏道館賽。
之後在三色堇與希特隆的協助下，小智完成了對抗紫羅蘭戰術的特訓而成功戰勝了紫羅蘭，獲得他在卡洛斯聯盟的第一個徽章。在告別三色堇姊妹後，莎莉娜接受小智邀請加入小智一行人，成為小智的同伴。
獲得八個徽章後，小智一行人回到旅程最初的起點－密阿雷市參加卡洛斯聯盟，小智在第一場比賽打敗阿志，八強打敗絢香後，在四強與翔太對戰，經過一番激戰之後，小智版甲賀忍蛙打敗翔太的超級蜥蜴王，小智以6比5的戰績戰勝翔太，晉級決賽，與能力未知的強敵艾嵐對戰，這也是小智的巔峰決戰。最後艾嵐的超級噴火龍X打敗小智版甲賀忍蛙，成為聯盟冠軍，密阿雷大會就在艾嵐獲得優勝的結局下閉幕。
不料就在閉幕後沒多久，閃焰隊首領弗拉達利已經開始行動，利用Z2的力量大肆破壞密阿雷市，還企圖要利用在特別篇最強超進化第三章收集到的傳說中的巨石並跟日晷合體，消滅全世界，最後在小智一行人、艾嵐與瑪農、布拉塔諾博士、大吾、帕琦拉、火焰雞假面、冠軍卡露乃、武藏與小次郎和卡洛斯其他道館訓練家所組成之大陣仗隊伍的聯合攻擊下，成功粉碎弗拉達利的陰謀。
閃焰隊瓦解後，小智一行人繼續在位於密阿雷市的希特隆家居留，由於希特隆所創造的道館訓練家機器人－希特洛伊特在與閃焰隊的戰役中犧牲，雖然後來維修完畢，不過也讓希特隆決定恢復密阿雷道館訓練家的身份。另一方面，莎莉娜在看著希特隆決定好下一步之後，一直無法替自己決定下一步，這時小智突然要求進行一場對戰，並牽著莎莉娜一路跑到競技場（此為小智與希特隆首次對戰的場地），接著莎莉娜在與小智展開沒有勝負的對戰後，找到了全新的目標－前往豐緣地區參加華麗大賽，從表演家轉為協調訓練家發展。過沒幾天一行人再度遇見了艾嵐、瑪農與布拉塔諾博士，令人驚訝的是艾嵐已將弗拉達利給予的超進化環作為事件的參考而上交給警方，並決定靠自己的力量尋找，以便捨棄過去，從零開始。
道別了艾嵐三人，一行人就此動身前往密阿雷機場，莎莉娜率先搭機離去，往豐緣地區出發，登機前夕突然回頭親吻了小智。接下來，小智在機場內部的競技場與希特隆展開沒有勝負的對戰後，於黃昏的夕陽下搭機離去，往真新鎮踏上了歸途，最後在月亮照耀的夜晚回到家中。
由於小智的寶可夢—魔牆人偶抽中了大獎，使得母子倆來到了阿羅拉地區遊玩（出發前夕先從大木研究所拿到一顆寶可夢之蛋）。而小智在遊玩途中的因緣際會下來到了寶可夢學校，同時結識大木博士的堂哥兼寶可夢學校校長－成也・大木（其實母子倆來到此地的目標還有一個，就是將大木博士所給的寶可夢之蛋交給他），接著在當地學生瑪奧的帶領下結識阿羅拉地區名研究員兼寶可夢學校班主任－庫庫伊博士，並在另一場因緣際會下結識其他四位同學－莉莉艾、卡奇、水蓮、馬瑪內。
晚上與媽媽在某座高級餐廳吃晚餐時，見到了西北方島嶼－美樂美樂島的守護神卡璞·鳴鳴，並接受祂所賜予的Z手環和電Z。接著就這樣留下來了，當然其母也早就料到會這樣，因此先早一步回去真新鎮，小智的上學生活即在此刻正式展開。
順利通過阿羅拉地區四大島嶼統治者的大考驗後，小智報名參加了阿羅拉聯盟瑪納羅大會，并最终獲得冠军。
旅途：所有地區（含伽勒爾地區）
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為慶祝櫻木研究所成立，小智受到大木博士的邀請前往枯葉市，在過程中洛奇亞突然在枯葉市港口現身，騎在洛奇亞背上小智與另一名少年小豪相識並結為好友，櫻木博士也聘請小智與小豪擔任調查員。
在宮門競技場，小智觀賞了關都暨城都聯盟冠軍阿渡與伽勒爾聯盟冠軍丹帝的對戰，最後由丹帝獲勝，丹帝成為當季世界冠軍，並獲得「最強王者」的稱號。親眼目睹一切的小智當下燃起興趣，下定決心報名參加寶可夢世界錦標賽，挑戰最強王者丹帝。另外，小豪因年幼時親眼看見了夢幻，燃起了追尋夢幻蹤影的目標，兩人的冒險故事在此刻正式展開。
歷經多場對戰，屢戰屢勝提升排名後，小智在八大師換位戰戰勝了拳關道館訓練家奇巴納，正式躋身八大師行列。在大師淘汰賽於八強賽戰勝大吾、四強賽戰勝竹蘭後，如願與丹帝對戰，戰局來到最後一回合、皮卡丘擊敗了丹帝的絕對王牌噴火龍，小智以5比6的戰績戰勝丹帝成為新任世界冠軍。另一方面，歷經多場考驗，獲選成為夢幻計畫追跡者小隊隊員的小豪，也如願見到了夢幻，兩人之後亦決定分道揚鑣各奔前程。
小智離開櫻木研究所後，再次踏上旅程，並遇到小霞與小剛，展開一段小旅行。期間因為拉帝亞斯一系列的事件，導致小智有了新的想法。旅程結束後再次跟小霞與小剛告別，一個人再次回家，一邊在思考自己未來想要走的路。
某日小智在大木研究所再次遇見小茂。小茂问道：「你現在已經成為冠軍，距離寶可夢大師這個目標還有多少呢？」，小智當下心中沒有答案，因為自從和皮卡丘一起出發旅行開始，小智就一直以成為寶可夢大師為目標。經過一番思考後，小智得到的答案就是成為冠軍並不是終點，對寶可夢大師的定義就是希望可以認識全世界所有寶可夢，因此選擇持續無止盡的旅行，長達26年的冒險故事也就此告一段落。
