漁農事宜及新鮮副食品批發市場
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隨著1990年代世界各國對健康食品和環境保護的關注，自2000年12月漁護署開始「有機耕作轉型計劃」，直到2007年12月5個主要菜區（吳家村、大江埔、坪輋、大埔和逢吉鄉）共106個農場遵循漁護署所編訂的「有機作物生產守則」進行蔬菜生產，蔬菜銷售由蔬菜統營處負責。漁護署及菜統處於1994年合作推行「信譽農場計劃」，推廣優良園藝操作及環保作物生產方法，保障市民健康。漁護署負責發放「緊急救援基金」的「漁農業補助金」，用以減輕受天災所害及符合資格農民的經濟困難。
香港有26個魚類養殖區，分別位於沙頭角、鴨洲、吉澳、澳背塘、西流江、往灣、塔門、較流灣、深灣、老虎笏、榕樹澳、糧船灣、吊杉灣、大頭洲、雞籠灣、滘西、麻南笏、布袋澳、蒲台、索罟灣、蘆荻灣、馬灣、鹽田仔、長沙灣、鹽田仔（東部）及東龍洲，佔海域總面積達209公頃，持牌經營者約有1,080名。漁護署在所有魚類養殖區進行定期水質監察及偵察有害藻類及紅潮的出現。漁護署於2002年8月開始試驗容許在榕樹凹及滘西魚類養殖區內進行「魚排閒釣」，更於2003年1月開始將計劃推廣至其它養魚區，現時有11個魚類養殖區內設有獲准進行魚排休閒垂釣的魚排，包括：
漁護署制訂「優質養魚場計劃」協助推動本地水產養殖業的可持續發展，推行「良好水產養殖方法」提升本地魚產品的質素，建立品牌以突顯本地生產的魚產品。漁護署會就養魚技術及相關的管理問題向有需要養魚戶提供協助，並透過「嘉道理農業貸款基金」為水產養殖戶提供低息貸款。
香港的漁船主要在南海的大陸架附近水域作業，大部分漁船由家庭成員操作，另僱漁工協助。漁護署於1996年展開「人工魚礁計劃」，旨在增強香港漁業的繁衍和促進海洋生物的多樣化，現時共有637座人工魚礁敷設於香港合適的水域，包括海下灣和印洲塘海岸公園、牛尾海和大灘海。漁護署為漁民提供各類相關訓練的課程，協助漁民考取操作漁船所需的資格和改善航海知識。漁護署在香港仔、筲箕灣、青山、大埔、西貢及長洲設有聯絡辦事處。漁護署共管理4個漁業貸款基金，分別為「魚類統營處貸款基金」、「漁業發展貸款基金」、「世界難民年貸款基金」及「美國經援協會貸款基金」，為漁民轉型至可持續發展漁業及一般生產用途提供低息貸款。
漁護署管理的魚類統營處提供海魚統銷服務，現時合共經營7個魚類批發市場，分別位於香港仔、筲箕灣、油塘、長沙灣、青山、大埔及西貢。位於香港仔石排灣道香港仔漁業辦事處的「漁業教育中心」於2003年9月30日啟用，增加香港市民對漁業的認識，提高保育漁業資源及存護海洋環境的意識。
香港居民食用的鮮活食品大部分都是經由漁護署管理的政府鮮活食品批發市場批銷，現時共有4個政府鮮活食品批發市場，提供2,600個出租舖位及輔助設施：
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長沙灣副食品批發市場
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西區副食品批發市場
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長沙灣臨時家禽批發市場
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北區臨時農產品批發市場
漁護署透過發展建議、規劃策略、環境影響評估等工作，提供有關自然保育方面的意見、執行法例、進行研究及推行生物多樣性保育計劃和認定具特殊科學價值的地點等工作以保育香港的動植物及自然生境；亦會定期進行生態調查，並建立香港的生態資料庫；同時監察米埔內后海灣國際重要濕地的生態，並發展及管理香港濕地公園；監管瀕危動植物的國際貿易；及透過宣傳和教育活動，加強香港市民對自然保育的認識。
漁護署管理24個郊野公園及22個特別地區、7個海岸公園及1個海岸保護區、各區的康樂或燒烤地區、37個露營地點及10個透過許可證制度容許越野單車活動的地點。
撲滅山火及劃分等級
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漁護處自1976年起負責為山火分級，共劃分為3個等級[2]，只要發生山火，就可算為一級。山火較猛，威脅居民和其他設施，而漁護署郊野公園滅火隊人手不足，需要消防處協助，即列為二級。三級山火乃指屬災難性，火勢嚴重，漁護署便會要求各紀律部隊協助撲救。
動植物及漁業監管及技術服務
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漁護署亦負責規範和管理在香港進行的瀕危動植物物種國際貿易。香港已簽訂確保野生動植物標本的國際貿易不會危害到這些物種的生存的《瀕危野生動植物種國際貿易公約》，該《公約》將3萬多種瀕危動植物分別列入3個附錄內，香港已制定香港法例第586章《保護瀕危動植物物種條例》履行《公約》的規定，凡進口、從公海引進、出口、再出口或管有列明物種的標本，不論屬活體的、死體的、其部分或衍生物（包括藥物），均須事先向漁農自然護理署申領許可證。
- 瀕危物種資源中心
位於長沙灣政府合署的漁農自然護理署總部設有瀕危物種資源中心，該處原先為貯藏充公得來的瀕危物種標，在2001年5月開幕，面績約1,700平方呎，用以提高公眾保護瀕危物種意識。現時中心內分為10個主題區，展出約600件屬於200種瀕危物種的展品，包括毛皮、皮革用品、中藥、植物、活生寵物等。
香港的主要植被為亞熱帶常綠闊葉林，已知共有超過3,100種的維管束植物，其中本地品種約有2,100種。漁農自然護理署透過香港植物標本室研究香港的植物，並利用本土植物改善郊野環境，現時漁護署已採集超過100種本土品種的種子在苗圃培育成樹苗作植林之用，其中如潤楠 、裂斗錐栗及木荷等已成功用作植林。
- 香港植物標本室
香港植物標本室成立於1878年，位於長沙灣政府合署7樓，藏有約41,000個植物標本，主要是本土的維管束植物，亦有華南地區及東南亞國家的標本，館藏標本中有200多個模式標本。
- 城門標本林
原為荒廢梯田的城門標本林佔地4公頃，於1970年代初已開始種植，現已收集共約300多個本地或華南地區土生的植物品種。
香港政府在1976年頒佈及實施「野生動物保護條例」(香港法例第170章 )保護香港的野生動物及牠們的棲息地，漁農自然護理署負責執行存護野生動物及其相關的工作。
漁農自然護理署負責進出香港的動物包括禽鳥、植物及其製品的檢驗及檢疫。漁護署透過香港法例第139章《公眾衞生（動物及禽鳥）規例》及第421章《狂犬病規例》執行管制鳥獸輸入香港，預防傳入動物疾病及狂犬病。漁護署並為出口的動物簽發官方動物健康證書或在註冊獸醫簽發的動物健康證書上進行加簽服務。同時亦根據《植物(進口管制及病蟲害控制)條例》(第207章)為植物進行檢疫。所有輸入香港的植物必須先領有由漁護署發出的植物進口證及由原產地有關當局發出的有效植物檢疫證明書；而輸入害蟲則必須預先領有進口授權書。
- 獸醫化驗科
獸醫化驗科由大龍獸醫化驗所和上水屠房化驗分所組成，由疾病診斷組、化學物殘餘管制組、禽流感組和疾病監控組等4個組分別負責提供解剖病理學化驗、細菌化驗、免役學化驗、分子生物學化驗及禽畜化學物藥殘測試。
- 檢疫偵緝犬
漁護署於2008年年初開始推行檢疫偵緝犬計劃，利用檢疫偵緝犬偵查及打擊走私檢疫物品，並安排在各口岸管制站執勤，包括落馬州、深圳灣和香港國際機場，每小時至少能檢查300人，防止非法進口動物。漁護署一直探用拉布拉多犬和比格犬作為檢疫偵緝犬，初時從澳洲進口，近年則嘗試從各動物管理中心及動物福利機構挑選合適的被遺棄犬隻，在打鼓嶺行動中心作進一步由澳洲專家安排為期兩個月的特別訓練。
