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16S 核かく糖とう体たいRNA

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（重定しげさだ向こう自じ16S rRNA）
嗜热栖热菌きん（Thermus thermophilus）的てき30S亚基的てき三维分子结构图。分子ぶんし中ちゅう的てき淡あわ蓝色部分ぶぶん为蛋白しろ质，淡あわ橙色だいだいいろ部分ぶぶん为RNA单链。[1]

16S核かく糖とう体たいRNA（16S ribosomal RNA），简称16S rRNA，是ぜ原核げんかく生物せいぶつ的てき核かく糖とう体からだ中なか30S亚基的てき组成部分ぶぶん。16S rRNA的てき长度约为1,542 nt。卡尔·乌斯和わ乔治·福ぶく克かつ斯是ぜ率先そっせん在ざい系けい统发育いく中ちゅう使用しよう的てき16S rRNA基もと因いん的てき两个先さき驱者[2]。

一いち个细菌的てき细胞中ちゅう可か包含ほうがん多た个具有ぐゆう不同ふどう序列じょれつ的てき16S rRNA[3]。

功こう能のう

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已やめ知ち16S rRNA具有ぐゆう如下几项功こう能のう：

结构

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通用つうよう引物ひきもの

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由よし于不同どう种的真ま细菌与あずか古こ细菌间的16S rRNA基もと因いん（16S rDNA）是ぜ高度こうど保守ほしゅ的てき[5]，16S rDNA常つね被ひ用よう于对各かく种生物せいぶつ进行的てき系けい统发生せい学がく方面ほうめん的てき研究けんきゅう[6]这种运用16S rRNA对生物せいぶつ进行系けい统发生せい学がく研究けんきゅう的てき方法ほうほう由ゆかり卡尔·沃斯（Carl Woese）开创[7]。另外，线粒体たい和わ叶かのう绿体中なか的てきrRNA也都被ひ扩增了りょう。在ざい获得能のう提供ていきょう系けい统发育そだて学がく信しん息いき的てき16S rRNA分子ぶんし时需要よう利用りよう通用つうようPCR引物ひきもの对16S rRNA分子ぶんし进行扩增。16S rRNA序列じょれつ的てき对比分析ぶんせき需要じゅよう在ざい这类“通用つうよう引物ひきもの”的てき脱だつ氧核糖とう核酸かくさん分子ぶんし的てき辅助下か完成かんせい，这类分子ぶんし具有ぐゆう如下序列じょれつ：

  • 8UA正せい向むこう：5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3'
  • 519B反はん向むこう：5'-GTA TTA CCG CGG CKG CTG-3'
  • 反はん向むこう：ACG GCT ACC TTG TTA CGA CTT

这类引物ひきもの因いん并未在ざい近こん期き发现的てき几种属ぞく于纳古菌きん门（Nanoarchaeota）的てき热液古こ菌きん[8]中分なかぶん离识别出来でき，也被称しょう为准じゅん通用つうよう引物ひきもの。

引物ひきもの名字みょうじ 序列じょれつ (5'-3') 参考さんこう资料
8F(同どうF8或ある27F) AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG [9][10]
U1492R GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 同上どうじょう
928F TAA AAC TYA AAK GAA TTG ACG GG [11]
336R ACT GCT GCS YCC CGT AGG AGT CT 同上どうじょう
1100F YAA CGA GCG CAA CCC
1100R GGG TTG CGC TCG TTG
337F GAC TCC TAC GGG AGG CWG CAG
907R CCG TCA ATT CCT TTR AGT TT
785F GGA TTA GAT ACC CTG GTA
805R GAC TAC CAG GGT ATC TAA TC
533F GTG CCA GCM GCC GCG GTA A
518R GTA TTA CCG CGG CTG CTG G
27F(同どうF8或ある8F) AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG [12]
1492R(同どうR1510) CGG TTA CCT TGT TAC GAC TT 同上どうじょう

PCR中ちゅう的てき应用

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除じょ了りょう高度こうど保守ほしゅ的てき引物ひきもの结合位い点てん之の外そと，16S核かく糖とう体からだRNA基もと因いん序列じょれつ包含ほうがん高だか变区，可か以提供ていきょう具体ぐたい物ぶつ种的签名序列じょれつ用よう于鉴定てい细菌的てき有用ゆうよう的てき[13][14]。其结果はて是ぜ，16S核かく糖とう体からだRNA基もと因いん测序已やめ经成为医学いがく微生物びせいぶつ学がく普遍ふへん的てき作さく为一种快速和廉价的鉴定细菌表ひょう型がた方法ほうほう的てき替がえ代だい方法ほうほう[15]。尽つき管かん它最初さいしょ用よう于鉴定てい细菌，随ずい后きさき16S测序被ひ发现能のう够重新しん分ぶん类细菌きん进入完全かんぜん新しん的てき物ぶつ种[16]，或ある者もの甚至是ぜ属ぞく[17][18]。它还已やめ经被用よう于描述じゅつ具有ぐゆう从未被ひ成功せいこう培つちかえ养的新しん物もの种[19][20]。

16S核かく糖とう体からだ数すう据すえ库

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因いん为它存在そんざい于大多数たすう微生物びせいぶつ并显示しめせ适当的てき变化，16S rRNA基もと因いん被ひ用作ようさく分ぶん类鉴定てい微生物びせいぶつ的てき标准。大だい多数たすう细菌和わ古こ细菌的てき16S rRNA基もと因いん序列じょれつ型がた菌株きんしゅ可か在ざい公共こうきょう数すう据すえ库得到いた，例れい如NCBI数すう据すえ库。然しか而，在ざい这些数すう据すえ库中发现的てき序列じょれつ的てき质量往往おうおう没ぼつ有ゆう验证。因よし此，只ただ收集しゅうしゅう16S rRNA序列じょれつ辅助数すう据すえ库被广泛使用しよう。最さい经常使用しよう的てき数すう据すえ库如下か：

1： EzTaxon（英えい语：EzTaxon Database）-e. https://web.archive.org/web/20130928154318/http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/ [21]

2：核かく糖とう体からだ数すう据すえ库项目め。http://rdp.cme.msu.edu/（页面存そん档备份，存そん于互联网档案あん馆） 核かく糖とう体からだ数すう据すえ库项目め(RDP)。

3： SILVA. [22]

4： Greengenes. Greengenes是ぜ基もと于新生せい系けい统发生せい，提供ていきょう了りょう标准的てき操作そうさ分ぶん类单元もと集しゅう的てき质量控ひかえ制せい，全面ぜんめん的てき16S参考さんこう数すう据すえ库和分ぶん类。该网站的官かん方かた主しゅ页是http://greengenes.secondgenome.com，并在Creative[失效しっこう連結れんけつ] Commons许可BY-SA3.0许可[23][24]。

参考さんこう文献ぶんけん

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  1. ^ Schluenzen F, Tocilj A, Zarivach R, Harms J, Gluehmann M, Janell D, Bashan A, Bartels H, Agmon I, Franceschi F, Yonath A 在ざい3.3 Å解析かいせき度ど下か具有ぐゆう功こう能のう活性かっせい的てき核かく糖とう体からだ小しょう亚基. Structure of functionally activated small ribosomal subunit at 3.3 angstroms resolution. Cell. 2000, 102 (5): 615–23. PMID 11007480. doi:10.1016/S0092-8674(00)00084-2. 
  2. ^ Woese, Carl R.; Kandler, O; Wheelis, M. Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc Natl Acad Sci USA. 1990, 87 (12): 4576–9 [2015-09-07]. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. PMC 54159 可免费查阅. PMID 2112744. doi:10.1073/pnas.87.12.4576. （原始げんし内容ないよう存そん档于2008-06-27）. 
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  4. ^ 4.0 4.1 聂剑初はつ、吴国利こくり、张翼伸しん、杨绍钟、刘鸿铭. 生物せいぶつ化学かがく简明教程きょうてい. 北京ぺきん: 高等こうとう教育きょういく出版しゅっぱん社しゃ. 1996年ねん6月がつ: 59. ISBN 7-04-007259-9. （2002年ねん重じゅう印しるし）. 
  5. ^ Coenye T, Vandamme P. 在ざい已やめ测序细菌基もと因いん组中的てき多た种16S rRNA操みさお纵子的てき基もと因いん内ない接合せつごう的てき不ふ均一きんいつ性せい. FEMS Microbiol. Lett. 2003-11, 228 (1): 45–9. PMID 14612235. doi:10.1016/S0378-1097(03)00717-1. 
  6. ^ 系けい统发育そだて学がく研究けんきゅう中ちゅう对16S rDNA扩增的てき运用 （页面存そん档备份，存そん于互联网档案あん馆）W G Weisburg, S M Barns, D A Pelletier and D J Lane; J Bacteriol. 1991 January; 173(2): 697-703
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外部がいぶ链接

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原核げんかく细胞
70S核かく糖とう体からだ
大だい亚基：50S亚基（包含ほうがん5S rRNA及23S rRNA）
小しょう亚基：30S亚基（包含ほうがん16S rRNA）
古こ菌きん细胞
真ま核かく细胞
细胞质核糖とう体からだ
80S核かく糖とう体からだ
大だい亚基：60S亚基（包含ほうがん5S rRNA、5.8S rRNA及28S rRNA）
小しょう亚基：40S亚基（包含ほうがん18S rRNA）
39S大だい亚基（包含ほうがん16S MT-RNR2及MT-tRNAVal（英えい语：MT-TV (mitochondrial)）） · 28S小しょう亚基（包含ほうがん12S MT-RNR1）
质体核かく糖とう体からだ
遗传学がく索引さくいん
描述
疾病しっぺい
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