Η διοργάνωση
Στην 59η διοργάνωση του κυπέλλου Ελλάδας 2000-01 μετείχαν συνολικά 50 ομάδες (16 Α' εθνικής, 16 Β' εθνικής και 18 Γ' εθνικής κατηγορίας) και διεξήχθη σε 5 γύρους, συμπεριλαμβανομένου του τελικού. Στην προκριματική φάση υπήρξαν 8 όμιλοι των 6 ομάδων, ενώ 2 ομάδες προκρίθηκαν χωρίς αγώνες.
Για πρώτη φορά καθιερώθηκε οι αγώνες της πρώτης φάσης να είναι διπλοί, πράγμα που σήμαινε ότι κάθε ομάδα έδωσε από 10 αγώνες. Μάλιστα, επειδή οι αγώνες ξεκίνησαν πολύ νωρίς, κατά τη διάρκεια όπου οι ομάδες θα έπρεπε να δίνουν φιλικούς αγώνες προετοιμασίας, επετράπη κατά τους 5 πρώτους αγώνες ένα μάξιμουμ 7 αλλαγών για κάθε προπονητή, πράγμα πρωτόγνωρο στην Ελλάδα, πιθανότατα και διεθνώς, για αγώνες επίσημης διοργάνωσης.
Κατά τη συνέχειά της υπήρξαν πολύ ενδιαφέρουσες αναμετρήσεις αφού η κληρωτίδα ανέδειξε "δυνατά" ζευγάρια. Στη φάση των 16 ο Ολυμπιακός απέκλεισε με 2 νίκες την ΑΕΚ, 2-0 χωρίς αγώνα εκτός έδρας, σ' ένα επεισοδιακό ματς που διακόπηκε σε βάρος της Ένωσης κι ενώ το σκορ ήταν 1-1, ενώ τη συνέτριψε με 6-1 στο Ολυμπιακό Στάδιο. Στην ίδια φάση, στο ντέρμπυ της Θεσσαλονίκης ανάμεσα στον ΠΑΟΚ και τον Άρη, ο πρώτος προχώρησε με ισοπαλία 1-1 και νίκη 2-0 στη ρεβάνς. Αξιοσημείωτη στη φάση αυτή και η πρόκριση του Παναθηναϊκού επί του Πανιωνίου με σκορ 7-2, στη ρεβάνς του 0-1 που προηγήθηκε.
Στους προημιτελικούς ακολούθησε η σύγκρουση Ολυμπιακού - Παναθηναϊκού και μετά το αμφίρροπο 1-1 του Ολυμπιακού Σταδίου (έδρα του Ολυμπιακού τότε), ακολούθησε το πανηγυρικό 4-1 των Πειραιωτών στο γήπεδο της Λεωφόρου Αλεξάνδρας. Περισσότερο συγκλονιστικός ήταν ο ημιτελικός ανάμεσα στον Ολυμπιακό και τον Ηρακλή, όπου ο πρώτος με 2 νίκες (1-0 εκτός έδρας και 5-4 εντός, σ' ένα εντυπωσιακό ματς όπου περίπου 10' πριν τη λήξη το σκορ ήταν 3-4) πήρε την πρόκριση στον τελικό.
Εκεί αντιμετώπισε μετά από 9 χρόνια και για 7η συνολικά φορά σε τελικό τον ΠΑΟΚ, ο οποίος όμως κέρδισε με 4-2 και κατέκτησε το κύπελλο 27 χρόνια μετά την τελευταία του κατάκτηση στο ίδιο γήπεδο επί του ίδιου αντιπάλου, το 1974. Ο τελικός ορίστηκε στο γήπεδο της Νέας Φιλαδέλφειας, μετά από κλήρωση που προηγήθηκε ανάμεσα στο γήπεδο αυτό και το Καυταντζόγλειο. Ο νικητής προπονητής του αγώνα Ντούσαν Μπάγεβιτς, έγινε ο πρώτος που κατακτά το τρόπαιο με 3 διαφορετικές ομάδες (προηγήθηκε η ΑΕΚ το 1996 και ο Ολυμπιακός το 1999).
Οι ομάδες που έφτασαν στους 8
Ο τελικός