Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
LMX1A
Ідентифікатори
Символи
LMX1A , LMX1, LMX1.1, LIM homeobox transcription factor 1 alpha, DFNA7
Зовнішні ІД
OMIM : 600298 MGI: 1888519 HomoloGene: 24921 GeneCards: LMX1A
Онтологія гена
Молекулярна функція
• GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding • sequence-specific DNA binding • зв'язування з іоном металу • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• клітинне ядро
Біологічний процес
• neuron differentiation • cerebellum development • multicellular organism development • midbrain development • central nervous system development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • axon guidance • dentate gyrus development • transcription, DNA-templated • negative regulation of neuron differentiation • central nervous system neuron differentiation • hippocampus development • regulation of cell growth • brain development • dopaminergic neuron differentiation • регуляція експресії генів • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • synapse organization • olfactory behavior • пам'ять • locomotory behavior • midbrain dopaminergic neuron differentiation • transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 1: 165.2 – 165.36 Mb
Хр. 1: 167.52 – 167.68 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
LMX1A (англ. LIM homeobox transcription factor 1 alpha ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. [ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 382 амінокислот , а молекулярна маса — 42 747[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MLDGLKMEEN FQSAIDTSAS FSSLLGRAVS PKSVCEGCQR VILDRFLLRL
NDSFWHEQCV QCASCKEPLE TTCFYRDKKL YCKYDYEKLF AVKCGGCFEA
IAPNEFVMRA QKSVYHLSCF CCCVCERQLQ KGDEFVLKEG QLLCKGDYEK
ERELLSLVSP AASDSGKSDD EESLCKSAHG AGKGTAEEGK DHKRPKRPRT
ILTTQQRRAF KASFEVSSKP CRKVRETLAA ETGLSVRVVQ VWFQNQRAKM
KKLARRQQQQ QQDQQNTQRL SSAQTNGGGS AGMEGIMNPY TALPTPQQLL
AIEQSVYSSD PFRQGLTPPQ MPGDHMHPYG AEPLFHDLDS DDTSLSNLGD
CFLATSEAGP LQSRVGNPID HLYSMQNSYF TS
Кодований геном білок за функціями належить до активаторів , білків розвитку .
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція , регуляція транскрипції .
Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку , ДНК .
Локалізований у ядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші