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商船旗（しょうせんき）とは、商船をはじめとする民間の船において国籍・用途を示すために掲揚される旗である。民間用海上旗とも呼ぶ。英語ではCivil ensignという。通常の国旗と同じものを定めている国も多いが、デザインの異なるものや、全く別のデザインのものを商船旗にしている国もある。また、英連邦諸国や日本のように軍艦旗と商船旗が異なる場合もある。
政府が所有する軍艦以外の船（公船）は国旗を掲げるが、沿岸警備隊には独自の旗を制定している国が多い。
日本の商船旗には国旗である日章旗が用いられる。商船が掲げる日章旗は1870年2月27日（明治3年1月27日）の郵船商船規則によって御国旗として規定され、日本においては以後御国旗（日章旗）が慣習的に国旗として使用されてきた（1999年（平成11年）8月13日の国旗国歌法で法制化、御国旗は経過措置で廃止）。また、1899年（明治32年）3月8日の船舶法においても日本の船舶は国旗を掲げることが明記されている。
郵船商船規則では国旗と異なるデザインの商船旗も日本商船記として規定されたが[1]、実際に使用された記録は見つかっておらず、各商船が民間船であることをしめす独自の社旗を使用していたことなどから、規定から約6年後の1875年（明治8年）11月29日に廃止された。
第二次世界大戦後の占領下の日本では、連合国から日章旗の掲揚を禁止された期間においては国際信号旗の"E"の旗を基にした商船旗が用いられた。同様に、アメリカ占領下の沖縄では国際信号旗の"D"の旗を基にした商船旗（琉球船舶旗）が用いられた。
一方、現在の日本の自衛艦旗（軍艦旗）は旭日旗であり、商船旗と異なるデザインである。
イギリスでは、軍艦旗にはホワイト・エンサインが用いられ、商船旗にはレッド・エンサインが用いられた。海事制度を英国に範を採った諸国では同様の旗が用いられている。
国旗と異なる意匠の商船旗としては次のものなどがある。
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イタリア共和国の
商船旗。
海軍旗とほぼ
同一だが、
左上の
意匠と
王冠がない
点が
異なる。
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フランスの
商船旗。
国旗よりも
赤色の
面積比が
大きい。
- ^ 「国立国会図書館」2024年8月3日
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