Ο Παναιγιάλειος Γ.Σ. ιδρύθηκε το 1927 από επίλεκτα μέλη της τοπικής κοινωνίας. Ο πρώτος που εμπνεύστηκε τη δημιουργία του Παναιγιαλείου ήταν ο παλαιστής και ελαιοχρωματιστής Ζήσιμος Λίβας πλαισιωμένος από τους Νίκο Γαρδενιώτη, Γ. Σακελλαρόπουλο, Ηρ. Αναστασόπουλο, Κ. Ηλιόπουλο, Κ. Λυριτζή, Χρ. Παπανδιανό και άλλους.
Άλλα μέλη που βοήθησαν στη δημιουργία του Συλλόγου ήταν ο χημικός Χρήστος Παπαϊωάννου, ο Σωτήρης Λιαρομάτης, ο Ντίνος Τριανταφύλλου και λίγο αργότερα ο Σωτήρης Παναγιωτόπουλος, πουγια πολλά χρόνια ήταν Πρόεδρος πρινκαι μετά τον πόλεμο, στο σπίτι του οποίου στεγάζονταν τα γραφεία του Συλλόγου. Επίτιμος Πρόεδρος της ομάδας διατέλεσε οΚώστας Κοτζιάς.
Τα παιδιά του Ντίνου Τριανταφύλλου, Τριαντάφυλλος και Βασίλης,[3][4] μετέπειτα συμμετείχαν ενεργά στη διοίκηση του συλλόγου και πέρασαν από την προεδρία. Ο γιος του Ντίνου, Περικλής Τριανταφύλλου, διετέλεσε αντιπρόεδρος της ομάδας κατά τη διάρκεια της παραμονής της ομάδας στηνΑ΄ Εθνικήκαι μετέπειτα διετέλεσε πρόεδρος της ομάδας τουΠανναυπλιακού - Ηρακλή,[5] λόγω της επαγγελματικής του δραστηριότητας στοΝαύπλιο, η οποία επί προεδρίας του ανέβηκε Β΄ Εθνική.
Μερικοί από τους πρώτους ποδοσφαιριστές που αγωνίστηκαν στον σύλλογο είναι οι: Πάνος Σουφλής, Κωνσταντίνος Παναγόπουλος, Ιωάννης Σιμονιάν, Αρμενάκ Σιμονιάν, Άγγελος Στεφανίδης, Κωνσταντίνος Μουρίκης, Αργύρης Αρβανίτης, Ανδρέας Ντούρας, Παύλος Ζαίρας, Ιωάννης Μοσχοχλαίδης, Αρίστος Γκίωνης, Κωνσταντίνος Φούκας, Φώτης Σκλήρης, Δημήτρης Κόλλιας, Κούκας, Νίκος Δαλαμάγκας, Ζαφειρόπουλος, Πάνος Αγγελόπουλος, Στάγιας Πιρπιρής, Μόσχος, Μεντζελόπουλος, Μανουσάκης, Ζουρόπουλος, Κολάης, Αρμένης, Παναγιώτης Μουρίκης, Γκούμας, Σκαρτσίλας, Δεληγιάννης κ.ά.
Μερικοί από τους Προέδρους του Συλλόγου εκείνης της εποχής ήταν καιοι: Νίκος Κουγεβετόπουλος, Ανδρέας Κουνινιώτης, Σπήλιος Παναγόπουλος. Αργότερα ακολούθησαν οι: Γ. Καλιμάνης και Αστέριος Μπέλλας.
Οι παίκτες Λάκης Σοφιανός, Μπάμπης Φυλακτός, Χρ. Νικολαΐδης, Μπέλλας, Τανίδης, Καλλίσης, Φαράντος, Μαργαρίτης, Μακρής, Χαραλαμπόπουλος, Αρβανίτης, Σταθόπουλος και άλλοι χαρακτηρίστηκαν «Πασάδες του Αιγίου».[6][7] Επίσης, την δεκαετία του 1950 ο Παναιγιάλειος πήρε το προσωνύμιο «Μαύρη Θύελλα», το οποίο διατηρεί μέχρι και σήμερα.[6][8][9][10]
Στις 5 Ιουνίου του 1938 και με προπονητή τον Δημήτρη Κόλλια από τηΘεσσαλονίκη, ο Παναιγιάλειος επικράτησε επί της Μικτής Θεσσαλονίκης με 3-1.[8] Επίσης, νίκησε τηνΑ.Ε.Κ. 2-0 εντός. Το 1938 πήρε το Κύπελλο αντιμετωπίζοντας τονΟλυμπιακό Πατρών, επικρατώντας με σκορ 4-3 στο Αίγιο ενώ στην Πάτρα απέσπασε ισοπαλία με σκορ 2-2. Σημείωσε νίκη επί του Εθνικού με 7-6 εντός και νίκη εκτός έδρας. Σημείωσε ισοπαλία μετο Γουδί με 4-4.
Ο Παναιγιάλειος είναι η πρώτη επαρχιακή ομάδα που πήρε μέρος το 1959 στο πρώτο πρωτάθλημα της Α΄ Εθνικής Κατηγορίας (μαζί μετηΔόξα Δράμας, τονΠαγκορινθιακόκαιτονΜέγα Αλέξανδρο Κατερίνης). Το 1959 για τα ημιτελικά έχασε από τονΟλυμπιακό Πειραιώςμε 2-1 και δεν συνέχισε στον θεσμό ενώ τη πρώτη φορά σε προημιτελικό το 1957 αποσύρθηκε επειδή δεν δέχτηκε ενώ είχε κληρωθεί να αγωνιστεί μετονΗρακλή Θεσσαλονίκης εντός.
Το 1960 ο Μπέλλας αγόρασε 31 ποδοσφαιριστές σε μία μέρα. Καθιέρωσε ταπριμκαι τους μισθούς στους ποδοσφαιριστές. Την περίοδο 1964-1967, ποδοσφαιριστής στην ομάδα υπήρξε οΝίκος Αλέφαντος.[11]
Ο Παναιγιάλειος ήταν και παρέμεινε στηνΑ' εθνική ως το 1966, καθώς υποβιβάστηκε σε μπαράζ μεΠανσερραϊκόκαιΠροοδευτική: έχασε απ' τους πρώτους (0-1 στη Λάρισα), νίκησε τους δεύτερους (1-0 στη Φιλαδέλφεια), κατέληξε σε τριπλή ισοβαθμία και υποβιβάστηκε επειδή αποφασίστηκε να μετρηθούν ταγκολστην κανονική περίοδο.
Το 1966, ο τότε γενικός αρχηγός Αστέριος Μπέλλας δεν ήταν αρεστός στους πραξικοπηματίες, επειδή είχε δώσει οικονομικές ενισχύσεις στην τότε Ε.Δ.Α.. Ηχούνταδεν διάλυσε την ομάδα, ωστόσο την υποβίβασε στην Β΄ εθνική και παρενέβη στη διοίκησή της. Δεν επέτρεψαν σε αυτόν και κάποια μέλη της προηγούμενης διοίκησης να βρίσκονται στο σύλλογο καισεμια αναδιάρθρωση νόμου που έγινε τότε, η ομάδα έπεσε κατηγορία δια νόμου. Παρά τις προσπάθειες των τοπικών παραγόντων που έγιναν τότε, δεν άλλαξε τίποτα.[12]
Οι αδερφοί Τριαντάφυλλος και Βασίλης Τριανταφύλλου εναλλάσσονταν στη διοίκηση της ομάδας τη δεκαετία του 1970.
Το 1972, ο Μπέλλας κατάφερε δια πλάγιας οδού να επιστρέψει στην ομάδα. Έχτισε μια ομάδα, με τους περισσότερους παίκτες της να έχουν αγωνιστεί στηνΕθνική Ελλάδας (Αγανιάν, Ασλανίδης, Μποτίνος, Μιχάλης Συμιγδαλάς, Νίκος Συμιγδαλάς). Η ομάδα ήταν στην πρώτη θέση όλο τονΑ' γύρο αλλά λόγω εσωτερικών προβλημάτων στο τέλος έχασε την άνοδο. Αξιόλογη πορεία στηΒ' κατηγορία έκανε το 1978, όταν αγωνίστηκαν στον σύλλογο και τότε παίκτες μεγάλης κλάσης.
Ο Αργεντινός Σέρτζιο Εσπινόζα από το 1979 έως το 1983 έπαιξε στον Παναιγιάλειο, με ένα διάλειμμα τη σεζόν του 1981.
Το 1981 και με προπονητή τονΓιώργο Δαρίβα, ο Παναιγιάλειος έφτασε στα ημιτελικά του Κυπέλλου Ελλάδας. Έπαιξε με αντίπαλο τονΟλυμπιακόστο Αίγιο (0-3) καιστοΣτάδιο «Γεώργιος Καραϊσκάκης» (3-1), με σκόρερ τον Κανέλλο. Πριντον ημιτελικό είχε αποκλείσει στο Ηράκλειο τονΟ.Φ.Η.καιτηνΔόξα Δράμας μέσα στηΔράμαμε 1-3 (ταγκολ έβαλαν οι: Βασιλόπουλος, Κανέλλος, Μισαηλίδης).
Το 1985 ο Παναιγιάλειος υποβιβάστηκε στηνΔ' εθνική κατηγορία. Παρέμεινε εκεί μέχρι τον Ιούνιο του 1995, όταν στα μπαράζ ανόδου γιατηνΓ' εθνική με αντίπαλο τηνΑχαϊκήστοΓήπεδο «Απόστολος Νικολαΐδης», με 10.000 οπαδούς τουστην εξέδρα, την νίκησε στην παράταση με 2-0.[8]
Το 1999 επέστρεψε ξανά στηνΒ' εθνική. Σε μπαράζ παραμονής στη κατηγορία, αντιμετώπισε σταΙωάννινατον Μάιο του 2001 τονΝαυπακτιακό Αστέρα.[13]
Ο Πέτρος Παλαιολογόπουλος ήταν πρόεδρος της ομάδας από το 1994 μέχρι το 2002.
To 2003 υποβιβάστηκε από τηνΒ' εθνική στηνΔ' εθνική λόγω χρεών.[8] Αγωνίστηκε υποχρεωτικά για τρεις συνεχόμενες χρονιές στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα και υποβιβάστηκε στηνΓ' εθνική κατηγορία. Ο δημοσιογράφος και εκδότης Γιώργος Χελάκης ήταν πρόεδρος της ομάδας από το 2004 έως το 2009. Το καλοκαίρι του 2010 υποβιβάστηκε ξανά λόγω πλαστής φορολογικής ενημερότητας.[14] Ένα χρόνο αργότερα, πρόεδρος του συλλόγου έγινε ο Αντώνης Ρέλλας.
Την άνοιξη του 2013 ο Παναιγιάλειος επέστρεψε μετά από 10 χρόνια στην Β΄ Εθνική.[8]Τη σεζόν 2013-14 ήρθε 5ος στο νότιο όμιλο, χάνοντας την είσοδο στα play-off σε ισοβαθμία μετονΗρακλή Ψαχνώντην τελευταία αγωνιστική, ενώ τη σεζόν 2014-15 κατετάγη 6ος στην κανονική περίοδο του νοτίου ομίλου. Στη συνέχεια αγωνίστηκε στα play-out και ήρθε δεύτερος στην ειδική βαθμολόγια με 23 βαθμούς, εξασφαλίζοντας την παραμονή τουστην κατηγορία καιτην σεζόν 2015-16. Τη σεζόν 2015-16 ο Παναιγιάλειος εξασφάλισε την παρουσία τουκαιστο επόμενο πρωτάθλημα της Football League. Την σεζόν 2017-18 υποβιβάστηκε στην Γ΄ Εθνική Κατηγορία.[15]Ο Αντώνης Ρέλλας σταμάτησε να είναι πρόεδρος τα τέλη του 2017. Από το 2018 και έπειτα κάνει πορεία μεταξύ Γ΄ Εθνικής και Α΄ Κατηγορίας Ε.Π.Σ. Αχαΐας.
Η έδρα του Παναιγιάλειου Γ.Σ. είναι τοΔημοτικό Στάδιο Αιγίου, με χωρητικότητα 7.000 θεατές καιτο οποίο βρίσκεται στην δυτική πλευρά της πόλης τουΑιγίου.
Χρώματα του Παναιγιάλειου Γυμναστικού Συλλόγου αποτελούν διαχρονικά τομαύροκαιτολευκό, όπου χρησιμοποιούνται στις εμφανίσεις της ομάδας και αλλού.
Ο Ζήσιμος Λίβας ήταν γυμναστής στον Παναιγιάλειο και αγαπούσε πολύ το αγώνισμα της ελληνορωμαϊκής πάλης, της οποίας καιο ίδιος υπήρξε αθλητής. Τιμής ένεκεν, το 1954 αποφασίστηκε από τον τότε πρόεδρο του Παναιγιαλείου, Σωτήρη Παναγιωτόπουλο να υιοθετηθεί ως έμβλημα του Παναιγιαλείου τη μορφή δύο αθλητών που αγωνίζονται στην ελληνορωμαϊκή πάλη. Λόγω της δυσκολίας αποτύπωσης του συγκεκριμένους εμβλήματος στις φανέλες του Παναιγιάλειου, χρησιμοποιήθηκαν πιο απλά σήματα όπως τα παρακάτω: