ImageJ

**ImageJ**
	ImageJ のロゴ
開発元かいはつもと	Wayne Rasband (NIH)
初版しょはん	Version 0.46 and Earlier
最新さいしん版ばん	1.54h / 2023年ねん12月15日にち (8か月げつ前まえ)
リポジトリ	github.com/imagej/ImageJ;
対応たいおうOS	Windows、macOS、Linux、他た
プラットフォーム	クロスプラットフォーム（Javaベース）
サイズ	約やく 7MB(JavaVMなし展開てんかい後ご) 約やく 108MB(JavaVMあり展開てんかい後ご)
種別しゅべつ	画像がぞう処理しょり
ライセンス	パブリックドメイン
公式こうしきサイト	ImageJ ホーム
	テンプレートを表示ひょうじ

ImageJはオープンソースでパブリックドメインの画像がぞう処理しょりソフトウェアである^[2]^[3]^[4]。Javaの仮想かそうマシン上うえで動作どうさし、プラグインやマクロによる拡張かくちょう性せいが高たかい^[4]。科学かがく研究けんきゅうにおける画像がぞう解析かいせきに広ひろく利用りようされ、生物せいぶつ学がくではデファクト・スタンダードの解析かいせきツールとなっている。

デジタルカメラで撮影さつえいした写真しゃしんなどの画像がぞう処理しょりに用もちいられる写真しゃしん編集へんしゅうソフトウェアでは、誰だれでも使つかえる直感ちょっかん的てきな操作性そうさせいわるを重視じゅうしするため、逆ぎゃくに内部ないぶの演算えんざんがわかりにくくなることがある。これに対たいしてImageJでは、各種かくしゅ画像がぞう処理しょりに用もちいられる数値すうち計算けいさんのパラメータが分わかりやすいユーザーインターフェイスを備そなえており、ピクセルの数値すうちを元もとに再現さいげん性せいの高たかい計算けいさん処理しょりを行おこなうことが可能かのうである。ユーザーによって書かかれたプラグイン群ぐんは、さまざまな画像がぞう処理しょり・解析かいせきの課題かだいに対応たいおうしている（#拡張かくちょう性せいの項こうを参照さんしょう）。同時どうじにその拡張かくちょう性せいの容易たやすさゆえ、画像がぞう処理しょりの教育きょういくの現場げんばでもポピュラーである^[5]^[6]。また、オープンソースであるため、処理しょり過程かていをすべて確認かくにんすることができる。計算けいさん過程かていにブラックボックスがない、という点てんでも科学かがく研究けんきゅうでの使用しように適てきしている。ソースコードはGitHubで公開こうかいされている^[7]。

動作どうさ環境かんきょう

Windows版ばんとLinux版ばんにおいてはJava1.8のVMが組くみ込こまれており、Javaの実行じっこう環境かんきょうがなくても作動さどうする。Mac OS X版ばんにおいては、OSに応おうじて異ことなるバージョンをダウンロードする必要ひつようがある^[8]。またPlatform Independent版ばんにおいてはJavaVMが入はいっていないため、実行じっこうにはJava実行じっこう環境かんきょうを用意よういする必要ひつようがある(そもそもPlatform Independent版ばんはJava実行じっこう環境かんきょうがすでにあるデバイス向むけのバージョンである)^[9]。

ダウンロードアプリケーションとしての他ほか、Javaアプレットとしても動作どうさする。

開発かいはつ小史しょうし

ImageJは、アメリカ国立こくりつ衛生えいせい研究所けんきゅうじょ (NIH) でWayne Rasbandにより開発かいはつが始はじめられた^[4]。最初さいしょのリリースは1997年ねんである^[4]。ImageJにはその思想しそう的てき祖先そせんとしてWayne Rasbandが開発かいはつを行おこなったNIH Imageがある^[4]。NIH Imageの最初さいしょのリリースは1987年ねんの春はるであり、電気でんき泳およげ動どうのゲルのバンドを定量ていりょう化かすることを目的もくてきとしていた。開発かいはつ言語げんごはPascalであった。開発かいはつのきっかけはApple Macintosh IIであり、その拡張かくちょう性せい、GUI、グラフィックス、開発かいはつ言語げんごPascalのサポートに刺激しげきをうけた、とWayne Rasband自身じしんが語かたっている。この草創そうそう期きのNIH Imageでは、ドラム式しきスキャナにより画像がぞうを入力にゅうりょくし、ジョイスティックを使つかってROIの設定せっていを行おこなうというインターフェイスであった。

NIHImageは動作どうさ環境かんきょうがMac OSのみという制約せいやくがあった^[4]ため、サン・マイクロシステムズがJava言語げんごをリリースしたことをきっかけとし、90年代ねんだい後半こうはんにJava仮想かそうマシン上じょうで動作どうさするImageJが構想こうそうされその開発かいはつが始はじまった。メニューの外見がいけん・構成こうせいはNIH Imageの多おおくを継承けいしょうし、その機能きのうも引ひき続つづき科学かがく研究けんきゅうに適てきした特徴とくちょうを有ゆうしている。NIHを退職たいしょくしたWayne Rasbandは2015年ねん現在げんざいでも自宅じたくから日々ひび開発かいはつを続行ぞっこうしており新あらたな機能きのうを追加ついかし続つづけている。

基本きほん機能きのう

1/8/16ビット整数せいすうグレースケール、32ビット浮動ふどう小数しょうすうグレースケール、および24ビットRGB/32ビットRGBAカラー画像がぞう^[10]を編集へんしゅう、解析かいせき、画像がぞう処理しょり、保存ほぞん、および印刷いんさつすることができる。同時どうじに処理しょりできる画像がぞうの数かずは、物理ぶつりメモリの搭載とうさい量りょうおよびOSのアプリケーションメモリ空間くうかんの制限せいげんに依存いぞんする。

TIFF、PNG、GIF、JPEG、BMP、DICOM、AVIなどの画像がぞうフォーマットに対応たいおう。
さまざまな顕微鏡けんびきょうメーカー、カメラメーカーの特殊とくしゅな画像がぞうフォーマット (例たとえばZeissの.lsm、Leicaの.lif) にも対応たいおうしている。これらの特殊とくしゅなフォーマットの対応たいおう情報じょうほうは、Loci Bioformatsのページで確認かくにんすることができる。
3次元じげんのスタック画像がぞう (multi-tif画像がぞう) に対応たいおう。
マルチスレッド処理しょりが実装じっそうされており、複数ふくすうの処理しょりを並行へいこうして行おこなう。特とくにスタック画像がぞうではマルチコアCPUによる並列へいれつ処理しょりの威力いりょくを発揮はっきする。
スタック画像がぞうの断層だんそう図ずの可視かし化か。
ImageJはマウスによるROI (Region of Interest) を実装じっそうしている。ROIの面積めんせき、ピクセル値ちの統計とうけい値ち、形態けいたいパラメータを測定そくていすることができる。
電気でんき泳およげ動どうゲル写真しゃしんのバンドの濃度のうど測定そくてい機能きのうは開発かいはつ当初とうしょからの機能きのうであり、よく練ねられた機能きのうのひとつとなっている。
ピクセル値ちに閾値を設定せっていし、選択せんたく範囲はんいを指定していすることができる。基本きほん的てきな分節ぶんせつ化かの機能きのうである。
距離きょりや角度かくどの測定そくてい。
ピクセル値ちのヒストグラムの表示ひょうじ
任意にんいの直線ちょくせん上じょうのピクセル値ちの輝度きど分布ぶんぷ（プロファイル）の測定そくていとプロット。測定そくていの数値すうちデータはファイルとして取得しゅとくできる。
画像がぞう間あいだの論理ろんり演算えんざん
コントラスト増強ぞうきょう
畳たたみ込こみ
フーリエ解析かいせき
シャープネス
スムーズ処理しょり
エッジ検出けんしゅつ
メディアンフィルタ
スケール設定せってい
回転かいてん、反転はんてん
メモリの許ゆるす限かぎり何なん枚まいでも画像がぞうを表示ひょうじすることができる。

より詳くわしい解説かいせつはImageJ User Guideを参照さんしょうのこと。

拡張かくちょう性せい

Javaプラグインや、記録きろく可能かのうなマクロによる機能きのう拡張かくちょうが可能かのうである^[4]。ImageJが内蔵ないぞうするJavaコンパイラを用もちいて、撮影さつえい、解析かいせき、画像がぞう処理しょりなどのさまざまな追加ついか機能きのうを手軽てがるに自作じさくし、プラグインの形かたちで導入どうにゅうできる。世界中せかいじゅうの研究けんきゅう者しゃが各自かくじの用途ようとに合あわせて独自どくじのプラグインを開発かいはつしており、これらの多おおくがImageJホームページにて公開こうかいされ手軽てがるに入手にゅうしゅできる。優秀ゆうしゅうなプラグインは正式せいしき版ばんの機能きのうに加くわえられることも多おおい。

ディストリビューション

さまざまなプラグインをあらかじめ同どう梱こりしたパッケージも何なに種類しゅるいか配布はいふされている。なかでもメジャーなのはFiji(Fiji Is Just ImageJ)である^[11]^[4]。ImageJのコマンドは500ほどであるが、Fijiでは900ほどになる。豊富ほうふな3次元じげん画像がぞう解析かいせき機能きのうの他ほかに、プラグインの自動じどうアップデート機能きのうやスクリプティング機能きのう（JavaScript、Jython、JRuby、BeanShell、Clojure、ImageJ Macro）とオリジナルのエディタが特徴とくちょう的てきである。2018年ねんからFijiはImageJの後継こうけいとなる通称つうしょうImageJ2の開発かいはつチームが融合ゆうごうし、事実じじつ上じょうImageJ2の配布はいふプラットフォームともなった。ImageJ2はFijiのチームが開発かいはつしてきたImglib2を中核ちゅうかくとしており、スクリプトやプラグインを書かくことでその多様たようでジェネリックな機能きのうを使用しようすることが可能かのうである。

論文ろんぶんへの引用いんよう

ImageJを使つかって解析かいせきした結果けっか・画像がぞうを論文ろんぶんに掲載けいさいする際さいには、論文ろんぶんに次つぎの引用いんようを行おこなうことが推奨すいしょうされている。ダウンロードは無料むりょうであるが、こうした形かたちでのクレジットが助成じょせい金きんを得えて開発かいはつを続行ぞっこうするために今後こんごも必要ひつようとなる。

Rasband, W.S., ImageJ, U. S. National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, http://imagej.nih.gov/ij/, 1997-2012.
Schneider, C.A., Rasband, W.S., Eliceiri, K.W. "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nature Methods 9, 671-675, 2012.^[2]

文献ぶんけん・脚注きゃくちゅう

^ ·ImageJ Release Notes
^ ^a ^b Schneider CA, Rasband WS, Eliceiri KW (2012). "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nat Methods. 9 (7): 671–675. doi:10.1038/nmeth.2089. PMID 22930834
^ Collins TJ (July 2007). "ImageJ for microscopy". BioTechniques. 43 (1 Suppl): 25–30. doi:10.2144/000112517. PMID 17936939
^ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h 朽くち名めい夏なつ麿まろ「画像がぞう解析かいせきツールImageJ」『映像えいぞう情報じょうほうメディア学会がっかい誌し』第だい74巻かん第だい2号ごう、映像えいぞう情報じょうほうメディア学会がっかい、2020年ねん、346-348頁ぺーじ、doi:10.3169/itej.74.346。
^ Burger W, Burge M (2007). Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java. Springer. ISBN 1-84628-379-5.
^ Dougherty, G (2009). Digital Image Processing for Medical Applications. Cambridge University Press. ISBN 978-0-521-86085-7.
^ imagej/imagej1: Wayne Rasband's ImageJ 1.x repository, updated once a night. To develop this code, use https://github.com/imagej/ImageJA.
^ macOS、Classic Mac OS、Windows、Linux用ようのダウンロードが用意よういされている。
^ “Download”. imagej.nih.gov. 2023年ねん8月がつ2日にち閲覧えつらん。
^ ImageJ User Guide - IJ 1.46r | Image Types
^ Johannes Schindelin; Ignacio Arganda-Carreras; Erwin Frise; Verena Kaynig; Mark Longair; Tobias Pietzsch; Stephan Preibisch; Curtis Rueden et al. (2012). “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis”. Nature Methods (Springer Nature) 9: 676–682. doi:10.1038/nmeth.2019.

外部がいぶリンク

配布はいふサイト（英語えいご）
ImageJ Documentation Wiki
Image J で学まなぶ実践じっせん医用いよう・バイオ画像がぞう処理しょり　ImageJ入門にゅうもんから高次こうじプラグイン開発かいはつテクニックまでくわしく解説かいせつしている。月刊げっかんインナービジョン誌しで連載れんさい中ちゅう (2020年ねん2月がつ3日にち現在げんざい、サイトが存在そんざいせず。)
テクセル工房こうぼう(日本語にほんご)^{[リンク切きれ]} - ImageJ Windows日本語にほんご版ばん開発かいはつとその入門にゅうもんマニュアル、プラグイン開発かいはつマニュアルを提供ていきょう。 (2020年ねん2月がつ3日にち現在げんざい、サイトが存在そんざいせず。)
株式会社かぶしきがいしゃリジット(日本語にほんご)^{[リンク切きれ]}- ImageJ-Win日本語にほんご版ばんのCD-ROMパッケージ版ばんを販売はんばい (2020年ねん2月がつ3日にち現在げんざい、サイトが存在そんざいせず。)
ImageJ^{[リンク切きれ]} 東京とうきょう大学だいがく馳はせ澤さわ研究けんきゅう室しつ (2020年ねん2月がつ3日にち現在げんざい、サイトが存在そんざいせず。)
『ImageJではじめる生物せいぶつ画像がぞう解析かいせき（2016）』，編著へんちょ：三浦みうら耕こう太ふとし・塚田つかだ祐ゆう基もと，学研がっけん秀しゅう潤じゅん社しゃ　ImageJ・Fijiのインストール、初歩しょほ的てきな使つかい方かたから、プラグインの開発かいはつまでを解説かいせつした生物せいぶつ画像がぞう解析かいせきのための教科書きょうかしょ。サポートサイトはこちら

ImageJプラグイン配付はいふサイト

ImageJ Plugin ホーム

ImageJプラグイン配付はいふサイト (サードパーティー)

以下いかのリストは比較的ひかくてき古ふるい内容ないようである。これに限かぎらず日々ひび新あたらしいプラグインが公表こうひょうされているので、目的もくてきに応おうじて検索けんさくすることをお勧すすめする。

ImageJ Plugin Project SourceForge.net
Bio-medical Imaging plugins^{[リンク切きれ]}
The Image Stabilizer plugin for ImageJ^{[リンク切きれ]}
OptiNav plugin set^{[リンク切きれ]}: Aeroacoustics, real time histograms, deconvolutions.
Large set of plugins^{[リンク切きれ]} by Gabriel Landini
Albert Cardona's 3D editing plugins^{[リンク切きれ]}.
Plugins for surface assessment from GCSCA
TrakEM2^{[リンク切きれ]}: a plugin for morphological data mining, image annotation and 3D modeling.

この項目こうもくは、ソフトウェアに関連かんれんした書かきかけの項目こうもくです。この項目こうもくを加筆かひつ・訂正ていせいなどしてくださる協力きょうりょく者しゃを求もとめています（PJ:コンピュータ/P:コンピュータ）。

[1] ·ImageJ Release Notes

[:0-2] Schneider CA, Rasband WS, Eliceiri KW (2012). "NIH Image to ImageJ: 25 years of image analysis". Nat Methods. 9 (7): 671–675. doi:10.1038/nmeth.2089. PMID 22930834

[3] Collins TJ (July 2007). "ImageJ for microscopy". BioTechniques. 43 (1 Suppl): 25–30. doi:10.2144/000112517. PMID 17936939

[Kutsuna-4] ^ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h 朽くち名めい夏なつ麿まろ「画像がぞう解析かいせきツールImageJ」『映像えいぞう情報じょうほうメディア学会がっかい誌し』第だい74巻かん第だい2号ごう、映像えいぞう情報じょうほうメディア学会がっかい、2020年ねん、346-348頁ぺーじ、doi:10.3169/itej.74.346。

[5] Burger W, Burge M (2007). Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java. Springer. ISBN 1-84628-379-5.

[6] Dougherty, G (2009). Digital Image Processing for Medical Applications. Cambridge University Press. ISBN 978-0-521-86085-7.

[7] /imagej1: Wayne Rasband's ImageJ 1.x repository, updated once a night. To develop this code, use https://github.com/imagej/ImageJA.

[8] OS、Classic Mac OS、Windows、Linux用ようのダウンロードが用意よういされている。

[9] “Download”. imagej.nih.gov. 2023年ねん8月がつ2日にち閲覧えつらん。

[10] ImageJ User Guide - IJ 1.46r | Image Types

[11] Johannes Schindelin; Ignacio Arganda-Carreras; Erwin Frise; Verena Kaynig; Mark Longair; Tobias Pietzsch; Stephan Preibisch; Curtis Rueden et al. (2012). “Fiji: an open-source platform for biological-image analysis”. Nature Methods (Springer Nature) 9: 676–682. doi:10.1038/nmeth.2019.

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表ひょう話はなし編へん歴れき画像がぞう処理しょりソフトウェア
フリー	CellProfiler（英語えいご版ばん） ImageJ FIJI（英語えいご版ばん） Endrov（英語えいご版ばん） Mango（英語えいご版ばん） OpenCV GNU Octave GemIdent（英語えいご版ばん） 3D Slicer（英語えいご版ばん） OsiriX FreeSurfer（英語えいご版ばん） InVesalius（英語えいご版ばん） FMRIB Software Librar（英語えいご版ばん） AFNI（英語えいご版ばん） ITK（英語えいご版ばん） ITK-SNAP（英語えいご版ばん） IVT（英語えいご版ばん） VXL（英語えいご版ばん） CellCognition（英語えいご版ばん） VIGRA（英語えいご版ばん） ilastik（英語えいご版ばん）
プロプライエタリ	MATLAB Mathematica Bitplane（英語えいご版ばん）
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