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京都所司代是幕府职称，一般由谱代大名担任，是幕府在京都的代表。
1568年，织田信长以拥立室町幕府第15代将军足利义昭为由，挥军南向上洛。为支配京都地区和维持治安，设置京都所司代，由家臣村井贞胜负责。（村井贞胜后来在本能寺之变中随信长嫡子织田信忠逃到二条御所抵抗后死去。）
信长死后，京都由丰臣秀吉统治，先后由桑原贞成、杉原家次、浅野长政（此三人在1582至1583年间短期任职）、前田玄以担任京都所司代。
在室町时代、安土桃山时代，由于政权在关西，此职实际作用不大。及至江户时代，由于政权转移到江户，为加强对关西的控制，仿照镰仓时代“六波罗探题”一职设立的京都所司代于1600年遂成定制。
幕末倒幕呼声高涨，京都屡次发生动乱，商店被破坏，强盗横行。幕府有感京都所司代无法控制治安，于1862年设置京都守护职作为负责京都治安的最高机构，京都所司代转为京都守护职辖下，直至1867年随幕府政权结束废止。
京都所司代是幕府在京都的代表，负责幕府与朝廷的交涉，向朝廷传递幕府的指示；同时亦监察朝廷、公家贵族和关西地区各大名的举措，并将各地大名送呈天皇的公文先送交幕府审查。此外，京都所司代也负责京都治安、裁决近畿地区的诉讼和管理京都、伏见、奈良各地的町奉行。役高一万石，编制定员一名，一般由领地三万石以上的谱代大名中选任。
- 奥平信昌（1600年－1601年）
- 板仓胜重（1601年－1619年）
- 板仓重宗（1619年－1654年）
- 牧野亲成（1654年－1668年）
- 板仓重矩（1668年－1670年）
- 永井尚庸（1670年－1678年）
- 户田忠昌（1678年－1681年）
- 稻叶正往（1681年－1685年）
- 土屋政直（1685年－1687年）
- 内藤重赖（1687年－1690年）
- 松平信兴（1690年－1691年）
- 小笠原长重（1691年－1697年）
- 松平信庸（1697年－1714年）
- 水野忠之（1714年－1717年）
- 松平忠周（1717年－1724年）
- 牧野英成（1724年－1734年）
- 土岐赖稔（1734年－1742年）
- 牧野贞通（1742年－1749年）
- 松平资训（1749年－1752年）
- 酒井忠用（1752年－1756年）
- 松平辉高（1756年－1758年）
- 井上正经（1758年－1760年）
- 阿部正右（1760年－1764年）
- 阿部正允（1764年－1768年）
- 土井利里（1769年－1777年）
- 久世应明（1777年－1781年）
- 牧野贞长（1781年ー1784年）
- 户田忠宽（1784年－1789年）
- 太田资爱（1789年－1792年）
- 堀田正顺（1792年－1798年）
- 牧野忠精（1798年－1801年）
- 土井利厚（1801年－1802年）
- 青山忠裕（1802年－1804年）
- 稻叶正谡（1804年－1806年）
- 阿部正由（1806年－1808年）
- 酒井忠进（1808年－1815年）
- 大久保忠真（1815年－1818年）
- 松平乘宽（1818年－1822年）
- 内藤信敦（1823年－1825年）
- 松平康任（1825年－1826年）
- 水野忠邦（1826年－1828年）
- 松平宗发（1828年－1832年）
- 太田资始（1832年－1834年）
- 松平信顺（1834年－1837年）
- 土井利位（1837年－1838年）
- 间部诠胜（1838年－1840年）
- 牧野忠雅（1840年－1843年）
- 酒井忠义（1843年－1850年）
- 内藤信亲（1850年－1851年）
- 胁坂安宅（1851年－1857年）
- 本多忠民（1857年－1858年）
- 酒井忠义（1858年－1862年）
- 松平宗秀（1862年）
- 牧野忠恭（1862年－1863年）
- 稻叶正邦（1863年－1864年）
- 松平定敬（1864年－1867年）
