Διαδέχθηκε τον πατέρα τουΠερκτάρητο, ανκαι συγκυβερνούσε ανεπίσημα από το 678. Πολέμησε κατά τουΑρειανιστή αντάρτη Άλαγιδούκα του Τρέντοκαι της Μπρέσια, που παλαιότερα είχε αντισταθεί στον πατέρα του Κουνιπέρτο και επανέλαβε το ίδιο μετά το τέλος του τελευταίου. Ο Άλαγις φυλάκισε τον Κουνιπέρτο σε ένα κάστρο επάνω στο νησί της λίμνης του Κόμο, αλλά η διοίκησή του ήταν προβληματική και τυραννική, κάνοντάς τοννα απωλέσει την εμπιστοσύνη του λαού του. Τελικά το 689 ο Κουνιπέρτος όπλισε τον λαό τού Πεδεμόντιουκαι νίκησε τον Άλαγι και τους συμμάχους τουΒενετούς κοντά στον ποταμό Άδδα, στο Λόδι. Ο Άλαγις πέθανε στη μάχη.
Ο Κουνιπέρτος πολέμησε αρκετές ακόμα ανταρσίες κατά τη βασιλεία του, περιλαμβανομένου τού Αυσφρίδη, σφετεριστή δούκα της Φριουλίας, τον οποίο υποχρέωσε σε δεινή ήττα. Κατάφερε επίσης να ενώσει τις εκκλησίες της ΑκουηλίαςκαιτουΓράδου, που βρίσκονταν σε σχίσμα. Πέθανε το 700 και τον διαδέχθηκε ο νεότερος γιος τουΛιουτπέρτος, αλλά παράλληλα μετονΑνσπράνδοκαι άλλους επαναστάτες. Ο Κουνιπέρτος, στη θητεία του οποίου συνέβησαν πολλοί πόλεμοι, ήταν ο πρώτος Λομβαρδός που έκοψε νομίσματαμετη μορφή του. [5]