Διαδέχθηκε στον πατριαρχικό θρόνο τον εξορισθέντα για δεύτερη φορά Ιωάννη Α΄ τον Χρυσόστομο, σε ηλικία περίπου 80 ετών. Ήταν αδελφός τουΠατριάρχη Νεκταρίου, προκατόχου του Ιωάννη και καταγόταν και αυτός από τηνΤαρσό της Κιλικίας.
Χειροτονήθηκε Πατριάρχης στις 26 Ιουνίου του 404 στοΝαό των Αγίων Αποστόλων. Εκκλησιαστικοί ιστοριογράφοι αναφέρουν ότι, ενώ ήταν συνετός, ευλαβής και πράος, είχε κακή φήμη, διότι κάποιοι κληρικοί έκαναν ό,τι ήθελαν, εκμεταλλευόμενοι τη μεγάλη του ηλικία, και κατόπιν απέδιδαν σε αυτόν τις ευθύνες. Η Πατριαρχία του σημαδεύτηκε από την καταδίωξη των οπαδών του εξόριστου Ιωάννη του Χρυσόστομου, οι οποίοι εκκλησιάζονταν χωριστά, χωρίς νατον έχουν αποδεχτεί. Στην καταδίωξη αυτή είχε αρωγούς τονΑλεξανδρείαςΘεόφιλοκαιτονΑντιοχείαςΠορφύριο, οι οποίοι τον αναγνώρισαν, αλλά και κρατική στήριξη, καθώς εκδόθηκαν σχετικά Αυτοκρατορικά διατάγματα. Εντύπωση προκαλούν στους ερευνητές και εκκλησιαστικούς ιστορικούς οι λόγοι του Ιωάννη του Χρυσοστόμου, στους οποίους εκφράζεται με δριμύτητα και πάθος κατά του πατριάρχη Αρσακίου αποκαλώντας τον «λήρον», «μοιχός», «προβατόσχημον λύκον» καθώς και «ιερέα φαύλον»[3].
Γενικά ο Πατριάρχης Αρσάκιος υπήρξε άνθρωπος με ασθενή θέληση, δικαιολογημένη εκ της ηλικίας του, και πέθανε μετά από βραχύ χρόνο πατριαρχίας στις 11 Νοεμβρίουτου405. ΗΟρθόδοξη Εκκλησία τιμά τη μνήμη του στις 11 Οκτωβρίου.
.svg)