Πριντην εκλογή του ήταν σκευοφύλακας του Ναού της Αγίας Σοφίας[1]και σύμφωνα μετονΝικηφόρο Κάλλιστο Ξανθόπουλο είχε ήδη αποκτήσει φήμη διάγοντος αγία ζωή, όταν επελέγη γιατον αρχιεπισκοπικό θρόνο[2]. Ήταν ευσεβής και μετριοπαθής ιεράρχης, που αγωνίσθηκε κυρίως γιατην ειρήνη στους κόλπους της Εκκλησίας από τις έντονες αντιπαραθέσεις και διαμάχες των θεολόγων της Αλεξανδρείαςκαι της Αντιοχείας. Απέκτησε την έχθρα του Πατριάρχη ΑλεξανδρείαςΔιόσκορου, ο οποίος δεν δεχόταν τις αποφάσεις της Γ΄ Οικουμενικής Συνόδου[3].
Παράλληλα, ο πανίσχυρος τότε ευνούχος τουΑυτοκράτοραΘεοδοσίου Β΄Χρυσάφιος, αμέσως μετά την εκλογή του Φλαβιανού, επιχείρησε νατου αποσπάσει δώρο σε χρυσάφι. Καθώς όμως ο Φλαβιανός δεν ενέδωσε, ο Χρυσάφιος έγινε άσπονδος εχθρός τουκαι προσπαθούσε νατον εκθρονίσει.
Μετά την καταγγελία τουΕυσεβίου Δορυλαίου κατά τουαρχιμανδρίτη Ευτυχή, ως αιρεσιάρχη, που είχε προκαλέσει νέους τριγμούς στην Εκκλησία, ο Φλαβιανός αναγκάσθηκε το448να δεχθεί την κρίση του αρχιμανδρίτη από την Ενδημούσα Σύνοδο της Κωνσταντινούπολης. Η επακόλουθη καταδίκη του Ευτυχή[4] προκάλεσε έντονη αντιπαράθεση στο Παλάτι, όπου και εκεί υπήρξε διαφωνία μεταξύ της αδελφής του Αυτοκράτορα Πουλχερίας και της ίδιας της Αυτοκράτειρας Ευδοκίας. Στην εξέλιξη αυτή, ο Χρυσάφιος, που ήταν υποστηρικτής του Ευτυχή, κατάφερε να πείσει τον Αυτοκράτορα να συγκαλέσει Οικουμενική Σύνοδο στηνΈφεσο, υπό τον Διόσκορο Αλεξανδρείας. Πράγματι, στις 8 Αυγούστουτου449 συνήλθε ηΣύνοδος της Εφέσου[α], η οποία τελικά καθήρεσε και εξόρισε τον Φλαβιανό[5], ενώ αποκατέστησε τον Ευτυχή.
Ο Φλαβιανός πέθανε τρεις μέρες μετά στην εξορία από τη θλίψη τουκαιτα σωματικά τραύματα πουτου είχαν προξενήσει στη Σύνοδο της Εφέσου ο Διόσκορος Αλεξανδρείας καιοι οπαδοί του υπό τον μοναχό Βαρσουμά[4]. Δύο χρόνια αργότερα, το451, συνεκλήθη η Δ΄ Οικουμενική Σύνοδος, η οποία καταδίκασε την αίρεση του Ευτυχή, καθαίρεσε το Διόσκορο και αποκατέστησε την ορθόδοξη πίστη. Το λείψανο του Φλαβιανού, κατόπιν επιθυμίας της αδελφής του Αυτοκράτορα Πουλχερίας, μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη και τοποθετήθηκε στοΝαό των Αγίων Αποστόλων[6], ενώ η Εκκλησία τον ανακήρυξε Άγιο. Η μνήμη του τιμάται από τηνΟρθόδοξη Εκκλησία στις 16 Φεβρουαρίου, ενώ μέχρι τον 12ο αιώνα γιορταζόταν μαζί μετηνΚαθολική, στις 18 Φεβρουαρίου.