Für problematisch hält die neue Leitlinie auch Tobias Banaschewski, Ärztlicher Direktor der Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie des Kindes- und Jugendalters. Und zwar allein deshalb, weil sie „Behandlungs-Algorithmen“ festlege, die nicht durch wissenschaftliche Befunde sicher gedeckt seien: „Wir sprechen hier nicht über Erwachsene, die selbst entscheiden können, ob sie sich operieren lassen wollen, sondern über Kinder und Jugendliche, deren Körper sich noch in der Entwicklung befindet.“ Vielen Jugendlichen sei nicht klar, dass eine „Transition“ eine komplette körperliche Veränderung bedeute und vielfach mit schweren Problemen wie Inkontinenz oder dem Verlust sexueller Funktionen bis hin zur Unfruchtbarkeit einhergehe.
Sieben Jahre lang feilten Kinder- und Jugendmediziner an einer Behandlungsleitlinie für transidente Minderjährige in Deutschland. Kritiker verweisen auf die fehlende Evidenz von Pubertätsblockern und Hormonen. Ein Mitglied der Kommission trat vorzeitig aus.