SARSコロナウイルス2-シータ株かぶ

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新型しんがたコロナウイルス (SARS-CoV-2) > SARS-CoV-2の変異へんい株かぶ > シータ株かぶ (系統けいとう P.3)
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SARSコロナウイルス2-シータ株かぶ（サーズコロナウイルスツー シータかぶ、英語えいご: SARS-CoV-2 Theta variant、別名べつめい: 系統けいとう P.3、系統けいとう B.1.1.28.3、VUI-21MAR-02）は、新型しんがたコロナウイルス感染かんせん症しょう (COVID-19) の原因げんいんウイルスとして知しられるSARSコロナウイルス2 (SARS-CoV-2) の変異へんい株かぶである。2021年ねん2月がつ18日にち、フィリピンの中部ちゅうぶビサヤ地方ちほうで2つの懸念けねんされる突然変異とつぜんへんいが検出けんしゅつされたときに同国どうこくで最初さいしょに特定とくていされたことから[1]、日本にっぽんでは通称つうしょう「フィリピン型がた変異へんい株かぶ」として知しられている。

世界せかい保健ほけん機関きかん (WHO) は注目ちゅうもくすべき変異へんい株かぶ (VOI) に指定していし、WHOラベルではシータ株かぶ (Theta variant) に分類ぶんるいしていた[2]が、2021年ねん7月がつにVOIから除外じょがいされた[2][3][4]。

日本にっぽんでは2021年ねん3月12日にち、フィリピンからの旅行りょこう者しゃが成田空港なりたくうこうに到着とうちゃくしたときに検出けんしゅつされた[5]。

この変異へんい株かぶは、アルファ株かぶ・ベータ株かぶ・ガンマ株かぶとは異ことなるが、同様どうようの脅威きょういをもたらすと考かんがえられている。またベータ株かぶやガンマ株かぶと同様どうよう、ワクチン接種せっしゅによって得えられたものも含ふくめ、中和ちゅうわ抗体こうたいに対たいしてより耐たい性せいがある可能かのう性せいがある[6]。

経緯けいい[編集へんしゅう]

2021年ねん2月がつ18日にち、フィリピン保健ほけん省しょうは、患者かんじゃからのサンプルがゲノム配列はいれつ決定けっていを受うけるために送おくられた後のち、中部ちゅうぶビサヤ地方ちほうでCOVID-19の2つの突然変異とつぜんへんいが検出けんしゅつされたことを確認かくにんした。突然変異とつぜんへんいは後のちに「E484K」と「N501Y」と名付なづけられ、50サンプル中ちゅう37サンプルで検出けんしゅつされ、両方りょうほうの突然変異とつぜんへんいがこれらのうち29サンプルで同時どうじ発生はっせいした。亜種あしゅの正式せいしきな名前なまえはなく、完全かんぜんなシーケンスはまだ特定とくていされていなかった[1]。

3月12日にち、日本にっぽんはフィリピンからの旅行りょこう者しゃで見みつかった新あたらしいコロナウイルス変異へんい株かぶを検出けんしゅつした[5]。

3月13日にち、保健ほけん省しょうは、突然変異とつぜんへんいが「系統けいとう P.3」として指定していされた変異へんい株かぶを構成こうせいすることを確認かくにんした。同日どうじつ、同国どうこくで最初さいしょの系統けいとう P.1（ガンマ株かぶ）の症例しょうれいも確認かくにんされた。P.1とP.3の亜種あしゅは同おなじ系統けいとうであるB.1.1.28に由来ゆらいするが、同省どうしょうは、ワクチンの有効ゆうこう性せいと伝染でんせん性せいに対たいするP.3の亜種あしゅの影響えいきょうはまだ確認かくにんされていないと述のべた[7]。

3月17日にち、イギリスは最初さいしょの2つの症例しょうれいを確認かくにんし、イングランド公衆こうしゅう衛生えいせい庁ちょう（英語えいご版ばん） (PHE) はそれを「VUI-21MAR-02」と名付なづけた[8]。

4月がつ30日にち、マレーシアのサラワク州しゅうで8例れいの系統けいとう P.3を検出けんしゅつした[9]。

分類ぶんるい[編集へんしゅう]

命名めいめい[編集へんしゅう]

2021年ねん1月がつ、この系統けいとうがフィリピンで初はじめて記録きろくされ、後のちに系統けいとう P.3 (lineage P.3) と命名めいめいされた[2][10]。同年どうねん5月がつ末まつ、WHOは懸念けねんされる変異へんい株かぶ (VOC) や注目ちゅうもくすべき変異へんい株かぶ (VOI) にギリシャ文字もじを使用しようする新あたらしい方針ほうしんを導入どうにゅうした後のち、系統けいとう P.3に対たいしシータ (θしーた:Theta) のラベルを割わり当あてた[2][10]。

変異へんい[編集へんしゅう]

「SARSコロナウイルス2の変異へんい株かぶ#ミスセンス変異へんい」も参照さんしょう
  • スパイクタンパク質に焦点を当てたSARS-CoV-2のゲノムマップ上にプロットされたシータ株のアミノ酸変異。
    スパイクタンパク質たんぱくしつに焦点しょうてんを当あてたSARS-CoV-2のゲノムマップ上じょうにプロットされたシータ株かぶのアミノ酸あみのさん変異へんい。

7つのスパイクタンパク質たんぱくしつ変異へんいを含ふくむ、すべてのサンプル（下表かひょう「シータ株かぶの変異へんい」にて赤色あかいろでラベル付らべるつけ）で合計ごうけい14個このアミノ酸あみのさん置換ちかんが確認かくにんされた。スパイクタンパク質たんぱくしつ変異へんいの中なかで、4つは以前いぜんに懸念けねんの系統けいとう（E484K、N501Y、D614G、P681H）に関連付かんれんづけられていたが、タンパク質たんぱくしつのC末端まったん領域りょういきに向むかって3つの追加ついかの置換ちかんが確認かくにんされた（E1092K、H1101Y、V1176F）。ORF8（つまりK2Q）での単一たんいつのアミノ酸あみのさん置換ちかんもすべてのサンプルで見みつかった。33個このサンプル（同おなじく緑色みどりいろでラベル付らべるつけ）のうち32個こには、スパイクタンパク質たんぱくしつの位置いち141〜143での3アミノ酸あみのさんの欠かけ失しつを含ふくむ3つの他ほかの変異へんいが見みられた。5つの同義どうぎ変異へんい（同おなじく灰色はいいろでラベル付らべるつけ）もすべてのケースで検出けんしゅつされた[11]。

シータ株かぶの変異へんい
遺伝子いでんし アミノ酸あみのさん
ORF1ab F924F
D1554G
S2433S
L3201P
D3681E
N3928N
L3930F
P4715L
A5692V
S LGV141_143del
E484K
N501Y
G593G
D614G
P681H
S875S
E1092K
H1101Y
V1176F
ORF8 K2Q
N R203K
G204R
シータ株かぶの特徴とくちょう的てきな変異へんい[12]
遺伝子いでんし アミノ酸あみのさん
ORF1a D1554G
S2625F
D2980N
L3201P
D3681E
L3930F
ORF1b P314L
L1203F
A1291V
S LGV141_143del
E484K
N501Y
G593G
D614G
P681H
S875S
E1092K
H1101Y
V1176F
ORF8 K2Q
N R203K
G204R

統計とうけい[編集へんしゅう]

国くに別べつの事例じれい （2021年ねん10月がつ3日にち現在げんざい）
国くに 事例じれい 参照さんしょう
 フィリピン 469 [13][14][15][16]
 マレーシア 14 [17][18]
 ドイツ 10 [19]
 アメリカ合衆国あめりかがっしゅうこく 9 [19]
 イギリス 8 [19]
 オランダ 6 [19]
 日本にっぽん 4 [19]
 香港ほんこん 4 [19]
 オーストラリア 3 [19]
 ニュージーランド 2 [19]
 ノルウェー 2 [19]
 シンガポール 2 [19]
 韓国かんこく 3 [19]
 アンゴラ 7 [19]
 カナダ 25 [19]
 ベルギー 10 [19]
 スウェーデン 4 [19]
 フィンランド 26 [19]
 グアム 4 [19]
 イタリア 1 [19]
 東ひがしティモール 3 [19]
 ベトナム 17 [19]
 コロンビア 15 [19]
 オマーン 28 [19]
 ベネズエラ 20 [19]
 北きたマリアナ諸島しょとう 25 [19]
合計ごうけい 702

脚注きゃくちゅう[編集へんしゅう]

[脚注きゃくちゅうの使つかい方かた]
  1. ^ a b ニュース, CNNフィリピン (2021年ねん2月がつ18日にち). “DOH confirms new COVID-19 mutations in Central Visayas”. https://www.cnnphilippines.com/news/2021/2/18/two-covid-mutations-of-concern-cebu-doh-central-visayas.html 2021年ねん5月がつ2日にち閲覧えつらん。 
  2. ^ a b c d “Tracking SARS-CoV-2 variants” (英語えいご). who.int. World Health Organization. 2021年ねん10月がつ1日にち閲覧えつらん。
  3. ^ 感染かんせん・伝播でんぱ性せいの増加ぞうかや抗原こうげん性せいの変化へんかが懸念けねんされる 新型しんがたコロナウイルス（SARS-CoV-2）の新規しんき変異へんい株かぶについて （第だい11報ほう） - 国立こくりつ感染かんせん症しょう研究所けんきゅうじょ (2021年ねん7⽉17⽇) 、2021年ねん8月がつ15日にち閲覧えつらん。
  4. ^ “当とうセンターにおける新型しんがたコロナウイルス変異へんい株かぶのスクリーニング検査けんさ結果けっかについて（2021年ねん10月がつ12日にち更新こうしん）”. 東京とうきょう都と健康けんこう安全あんぜん研究けんきゅうセンター. 2021年ねん10月がつ13日にち時点じてんのオリジナルよりアーカイブ。2021年ねん10月がつ13日にち閲覧えつらん。
  5. ^ a b ニュース, 共同通信社きょうどうつうしんしゃ (2021年ねん3月がつ12日にち). “New coronavirus variant found in traveler from Philippines: Japan”. https://english.kyodonews.net/news/2021/03/f490b9d06b6d-new-coronavirus-variant-found-in-traveler-from-philippines-japan.html 2021年ねん5月がつ2日にち閲覧えつらん。 
  6. ^ ニュース, ジャパンタイムズ (2021年ねん3月がつ12日にち). “Japanese authorities discover a new coronavirus variant in traveler from Philippines”. https://www.japantimes.co.jp/news/2021/03/13/national/new-variant-philippines/ 2021年ねん5月がつ2日にち閲覧えつらん。 
  7. ^ ニュース, ABS-CBN (2021年ねん3月がつ13日にち). “DOH confirms new COVID-19 variant first detected in PH, first case of Brazil variant”. https://news.abs-cbn.com/news/03/13/21/doh-confirms-new-covid-19-variant-first-detected-in-ph-first-case-of-brazil-variant 2021年ねん5月がつ2日にち閲覧えつらん。 
  8. ^ ニュース, Rappler (2021年ねん3月がつ17日にち). “England reports 2 cases of new COVID-19 variant found in Philippines”. https://www.rappler.com/nation/england-reports-cases-covid-19-variant-found-philippines 2021年ねん5月がつ2日にち閲覧えつらん。 
  9. ^ “Covid-19: Sarawak detects variant reported in the Philippines” (英語えいご) (2021年ねん4月がつ30日にち). 2021年ねん4月がつ30日にち閲覧えつらん。
  10. ^ a b “新型しんがたコロナウイルス感染かんせん症しょうの世界せかいの状況じょうきょう報告ほうこく”. 厚生こうせい労働ろうどう省しょう. (2021年ねん6月がつ8日にち). https://www.forth.go.jp/topics/20210611.html 2021年ねん10月がつ2日にち閲覧えつらん。 
  11. ^ Center, Philippine Genome. “PGC SARS-CoV-2 Bulletin No. 7: Detection and characterization of a new SARS-CoV-2 lineage P.3, with spike protein mutations E484K, N501Y, P681H and LGV 141–143 deletion, from samples sequenced through the intensified UP-PGC, UP-NIH and DOH biosurveillance program”. Philippine Genome Center. 2021年ねん5月がつ2日にち閲覧えつらん。
  12. ^ “P.3 Lineage Report”. outbreak.info. 2021年ねん5月がつ9日にち閲覧えつらん。
  13. ^ ニュース, Inquirer.net (2021年ねん4月がつ18日にち). “DOH reports detection of 642 cases of three COVID-19 variants”. https://newsinfo.inquirer.net/1420570/doh-reports-detection-of-642-cases-of-three-covid-19-variants 2021年ねん5月がつ2日にち閲覧えつらん。 
  14. ^ ニュース, GMA (2021年ねん5月がつ4日にち). “DOH: Philippines detects more cases of coronavirus variants”. https://www.gmanetwork.com/news/news/nation/786161/doh-philippines-detects-more-cases-of-coronavirus-variants/story/ 2021年ねん5月がつ4日にち閲覧えつらん。 
  15. ^ ニュース, PhilippineStar (2021年ねん5月がつ15日にち). “Philippines detects 10 more cases of coronavirus variant first detected in India”. https://www.philstar.com/headlines/2021/05/15/2098475/philippines-detects-10-more-cases-coronavirus-variant-first-detected-india 2021年ねん5月がつ15日にち閲覧えつらん。 
  16. ^ News, ABS-CBN (2021年ねん5月がつ29日にち). “DOH logs new COVID-19 variant cases in PH; only 26 active”. https://news.abs-cbn.com/news/05/29/21/philippines-covid19-variant-cases-update-may292021 2021年ねん5月がつ29日にち閲覧えつらん。 
  17. ^ “Covid-19: Sarawak detects variant reported in the Philippines” (英語えいご) (2021年ねん4月がつ30日にち). 2021年ねん5月がつ2日にち閲覧えつらん。
  18. ^ “Health Ministry: 119 Covid-19 cases from Variant of Concern and Variant of Interest strains” (英語えいご) (2021年ねん5月がつ31日にち). 2021年ねん6月がつ2日にち閲覧えつらん。 “...while of the VOIs, 12 cases are from the P.3 (Phillipines) variant...”
  19. ^ a b c d e f g h i j k l m n o p q r s t u v w x “PANGO lineages”. cov-lineages.org. 2021年ねん5月がつ9日にち閲覧えつらん。

関連かんれん項目こうもく[編集へんしゅう]

外部がいぶリンク[編集へんしゅう]

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