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生物の分類 - Wikipedia

生物せいぶつ分類ぶんるい

生物せいぶつ統一とういつてき階級かいきゅう分類ぶんるいする方法ほうほう

生物せいぶつ分類ぶんるい(せいぶつのぶんるい)では、生物せいぶつ統一とういつてき分類ぶんるいする方法ほうほう説明せつめいする。分類ぶんるいがく学名がくめいCategory:分類ぶんるいがくウィキスピーシーズ参照さんしょうのこと。

概説がいせつ

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られている生物せいぶつたねにはそれぞれ学名がくめいぞくめいたね小名しょうみょうまたはぞくめいたね形容けいよう)がつけられる。学名がくめい前半ぜんはんぞくめいで、ぞくとはごく類縁るいえん関係かんけいちかたねをまとめたものである。これらを分類ぶんるいしてその分類ぶんるいグループにも学名がくめいをつけることがおこなわれている。さらにこの分類ぶんるい階層かいそうてきに(しょう分類ぶんるい >ちゅう分類ぶんるい >大分おおいたるいなど)体系たいけいけすることで、いろいろな生物せいぶつグループ同士どうし類縁るいえん関係かんけい、ひいては進化しんか系譜けいふあきらかにしようとする。

分類ぶんるいがくは、それぞれの時代じだいにおいて、その当時とうじまでに判明はんめいした情報じょうほうもとづいてできるだけ納得なっとく出来できるような分類ぶんるい体系たいけい模索もさくつづけてきた。リンネ時代じだいには形態けいたい中心ちゅうしんに、顕微鏡けんびきょう使つかわれるようになればそこからられる情報じょうほうをも利用りようし、生化学せいかがく発達はったつすれば色素しきそなども利用りようし、つねにできるだけ納得なっとくのいく体系たいけいさがもとめられた。そのため、分類ぶんるい体系たいけい時代じだいとも変化へんかしつつ、次第しだいただしい姿すがたちかづいているものとかんがえられる。20世紀せいきすえには遺伝子いでんしそのものを参照さんしょうする分子ぶんし遺伝いでんがく手法しゅほうれられ、おおくの分類ぶんるいぐんにおいておおきな見直みなおしがせまられている。したがって、このような体系たいけい今後こんご変更へんこう余儀よぎなくされることがままあるはずである。

しかしながら、それぞれの時点じてんにおいて、どれかの体系たいけい採用さいようしなければ文章ぶんしょうつくれない。そのため、Wikipediaはそれぞれのぐん特定とくてい体系たいけい採用さいようしている。したがって、その記述きじゅつ書籍しょせきとうことなる場合ばあいがあること、どちらがただしいかの議論ぎろん困難こんなん場合ばあいがあることをしるしておく。

現代げんだいてき系統けいとう分類ぶんるいについて

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生物せいぶつかんする科学かがくてき知見ちけん蓄積ちくせきされるにつれ、生物せいぶつ分類ぶんるいなん修正しゅうせいされたが、とくに20世紀せいきまつ分子ぶんし系統けいとう解析かいせき成果せいかにより、おおきな修正しゅうせいはかられた。本節ほんぶしではこの分子ぶんし系統けいとうがく成果せいかもとづいた現代げんだいてき系統けいとう分類ぶんるいについてべる。

[よう説明せつめい]

エオサイトせつ

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生物せいぶつ全体ぜんたい細菌さいきん系統けいとうとアーキア(細菌さいきん)の系統けいとうけ、そのうち細菌さいきんからかく生物せいぶつ進化しんかしたとするせつ有力ゆうりょくになりつつある(ひろ意味いみでのエオサイトせつ、2分岐ぶんきせつ[1][2][3][4]細菌さいきんなかでもアスガルド細菌さいきんから進化しんかしたこと分子ぶんし系統けいとう解析かいせきから示唆しさされている。アスガルド細菌さいきんまく輸送ゆそうけいなど後天的こうてんてき特徴とくちょうかんしてもかく生物せいぶつおおくの類似るいじせいゆうする[1]

生物せいぶつ

細菌さいきん

アーキア
アスガルド細菌さいきん

かく生物せいぶつ

そののアスガルド細菌さいきんがわ系統けいとう

その細菌さいきんがわ系統けいとう

従来じゅうらい分類ぶんるいとの関係かんけい

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過去かこ提唱ていしょうされた生物せいぶつ分類ぶんるい枠組わくぐみと3ドメインせつ関係かんけい簡略かんりゃくして以下いかしめす。 [よう説明せつめい] なお、エオサイトせつ・2分岐ぶんきせつにおいてもかく生物せいぶつという分類ぶんるいぐん解体かいたいされるわけではない。

2かいせつ 3かいせつ 5かいせつ 6かいせつ 3ドメインせつ[5]

エオサイトせつ

具体ぐたいれい[6]
リンネ
(1735ねん)
ヘッケル
(1866ねん)
ホイッタカー
(1969ねん)
ウーズ
(1977ねん)
ウーズ
(1990ねん)
レイクら
(1984ねん)
  原生げんせい生物せいぶつさかい モネラかい 真正しんしょう細菌さいきんさかい 細菌さいきん 細菌さいきん 大腸菌だいちょうきん放線ほうせんきん藍色あいいろ細菌さいきん
細菌さいきんさかい アーキア (細菌さいきん) アーキア

ただしかく生物せいぶつ細菌さいきんから分岐ぶんきしたもので、1ぎょう以外いがいかく生物せいぶつ対応たいおう

メタン生成せいせいきんこうねつこうさんきん
原生げんせい生物せいぶつさかい 原生げんせい生物せいぶつさかい かく生物せいぶつ 藻類そうるい原生動物げんせいどうぶつ変形へんけい菌類きんるい
植物しょくぶつさかい 植物しょくぶつさかい きんかい きんかい キノコカビ
植物しょくぶつさかい 植物しょくぶつさかい コケるいシダるい種子しゅし植物しょくぶつ
動物どうぶつさかい 動物どうぶつさかい 動物どうぶつさかい 動物どうぶつさかい 脊椎動物せきついどうぶつ脊椎動物せきついどうぶつ

うえひょうの「動物界どうぶつかい」、「植物しょくぶつかい」などに登場とうじょうする「さかい」というかたりは、生物せいぶつ分類ぶんるい階級かいきゅうひとつで、かつてはさい上位じょうい分類ぶんるい階級かいきゅうとして位置いちづけられていた。それにたいし3ドメインせつではまず生物せいぶつ全体ぜんたいを3つのドメインにけ、これらドメインよりも下位かい分類ぶんるい階級かいきゅうとして「さかい」をあつかう。なお、日本にっぽん初等しょとう教育きょういくでは3ドメインせつ以前いぜんかいせつ(2011ねんまで)ないしかいせつ(2012ねん以降いこう)にもとづいて生物せいぶつ分類ぶんるい説明せつめいしている[7]

かく生物せいぶつだい分類ぶんるいぐん

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かく生物せいぶつドメインない大分おおいたるいについても、 分子ぶんし系統けいとう解析かいせき成果せいかもとづいた分類ぶんるい体系たいけい提案ていあん発表はっぴょうされている。 した国際こくさい原生げんせい生物せいぶつ学会がっかいによる分類ぶんるい体系たいけい(Adl et al. 2019)の概観がいかんしめ[8]。この分類ぶんるい体系たいけいでは、じょう分類ぶんるいぐん定義ていぎされ階層かいそうをなしているが、分類ぶんるいぐんに「さかい」や「もん」といった階級かいきゅう付与ふよされていない。 かく生物せいぶつドメインないおおきい(系統的けいとうてき分類ぶんるいぐんスーパーグループなどとばれている。詳細しょうさいかく生物せいぶつ#下位かい分類ぶんるい参照さんしょう

分類ぶんるい階級かいきゅう

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伝統でんとうてき生物せいぶつ分類ぶんるいぐんにはもんphylum/division)・つな といった「階級かいきゅう」をつけてばれることがおおい。 これら伝統でんとうてき分類ぶんるい階級かいきゅうは、ひとあつかいやすくするための人為じんいてきなものである側面そくめんがあることに注意ちゅういする必要ひつようがある。ただし、さまざまな分野ぶんや伝統でんとうてき分類ぶんるい体系たいけい系統けいとうがく知見ちけん反映はんえいさせた体系たいけい組替くみかえるうごきがさかんである。

以下いかでは現時点げんじてん生物せいぶつ分類ぶんるいでほぼ一般いっぱんてき使つかわれている分類ぶんるい体系たいけい枠組わくぐみを記述きじゅつする。

和名わみょう 英名えいめい ラテン語らてんごめい れいヒト れいローズマリー れいエノキタケ れい大腸菌だいちょうきん れいA. ペルニクス
ドメイン: domain: regio: かく生物せいぶつ かく生物せいぶつ かく生物せいぶつ 細菌さいきん 細菌さいきん
さかい: kingdom: regnum: 動物界どうぶつかい 植物しょくぶつかい きんかい なし プロテオ細菌さいきんかい[注釈ちゅうしゃく 1]
もん: phylum
/division
:
phylum
/divisio
:
脊索せきさく動物どうぶつもん
脊椎動物せきついどうぶつもん
被子植物ひししょくぶつもん 担子きんもん プロテオバクテリアもん クレン細菌さいきんもん
つな: class: classis: 哺乳ほにゅうつな そう子葉しよう植物しょくぶつつな きん蕈綱 γがんまプロテオバクテリアつな テルモプロテウスつな
: order: ordo: サル シソ ハラタケ エンテロバクター デスルフロコックス
: family: familia: ヒト シソ キシメジ ちょうない細菌さいきん デスルフロコックス
ぞく: genus: genus: ヒトぞく
Homo
ローズマリーぞく
Rosemarinus
エノキタケぞく
Flammulina
エスケリキアぞく
Escherichia
アエロピュルムぞく
Aeropyrum
たね: species: species: H. sapiens R. officinalis F. velutipes E. coli A. pernix
  • もんは、動物どうぶつがく細菌さいきんがくではphylum植物しょくぶつがく菌類きんるいがくではdivision/divisio使つかける。
  • 中間ちゅうかんてき分類ぶんるい必要ひつようなときの階級かいきゅうめいは、その分類ぶんるい単位たんいよりも上位じょうい分類ぶんるいには、きょ (magn-)・うえ (super-)・だい (grand-) を、下位かい分類ぶんるいには、 (sub-)・した (infra-)・しょう (Parv-) などの接頭せっとうかく階級かいきゅうあたまにつけて生成せいせいさせる。
  • subfamily)とgenusぞく)のあいだをさらに細分さいぶんする必要ひつようがあるときは、tribe動物どうぶつではぞく植物しょくぶつではれん)を使つかう。
  • subgenusぞく)とspeciesたね)のあいだをさらに細分さいぶんする必要ひつようがあるときは、sectionふし)を使つかう。

階級かいきゅうべつ学名がくめい接尾せつび

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ぞくより上位じょうい階級かいきゅう学名がくめいには、植物しょくぶつ藻類そうるい菌類きんるいについては国際こくさい藻類そうるい菌類きんるい植物しょくぶつ命名めいめい規約きやく動物どうぶつ原生動物げんせいどうぶつでは国際こくさい動物どうぶつ命名めいめい規約きやく細菌さいきん細菌さいきんでは国際こくさい原核げんかく生物せいぶつ命名めいめい規約きやくさだめられた規則きそくてき接尾せつび語尾ごび)がけられている。

学名がくめい接尾せつび語尾ごび
分類ぶんるい階級かいきゅう
rank
接尾せつび suffix / 語尾ごび termination
植物しょくぶつ
(ICN[注釈ちゅうしゃく 2]
藻類そうるい
(ICN[注釈ちゅうしゃく 3]
菌類きんるい
(ICN[注釈ちゅうしゃく 4]
動物どうぶつ
(ICZN[15]
細菌さいきん細菌さいきん
(ICNP[16][17]
もん Division/Phylum -phyta -ota    
もん Subdivision/Subphylum -phytina      
つな Class -opsida -phyceae -ia   -ia
つな Subclass -idae[注釈ちゅうしゃく 5] -phycidae     -idae
Order -ales   -ales
Suborder -ineae   -ineae
うえ Superfamily -oidea  
Family -aceae -idae -aceae
Subfamily -oideae -inae -oideae
ぞく Tribe -eae -ini -eae
ぞく Subtribe -inae -ina -inae

分類ぶんるいぐんによっては慣習かんしゅうてきに、よく使つかわれる語尾ごびがある。たとえば、動物どうぶつもんの -zoa、つなの -morpha、の -iformes、-ida、細菌さいきんもんの -archaeota などである。しかしこれらはルールではなく、例外れいがいおおい。原核げんかく生物せいぶつではもん語尾ごびを-aeotaに統一とういつする提案ていあんされており、2018ねん以降いこう提唱ていしょうされたもんはこの語尾ごびつことがおおい。さらに、2021ねん原核げんかく生物せいぶつではもん語尾ごびを-otaに統一とういつすることがICSPで決定けっていされた[18]

一般いっぱんてき分類ぶんるいれい

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原核げんかく生物せいぶつ

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細菌さいきん(ドメイン:バクテリア)

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細菌さいきん(ドメイン:アーキア)

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かく生物せいぶつ

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原生げんせい生物せいぶつかい

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植物しょくぶつかい

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きんかい

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動物界どうぶつかい

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分子ぶんし系統けいとうがくてき分類ぶんるいれい

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ぜん生物せいぶつ対象たいしょうにした系統けいとうじゅの1れいいろ生物せいぶつ分類ぶんるいひょうしたがっている

20世紀せいき後半こうはんから勃興ぼっこうした、タンパク質たんぱくしつアミノ酸あみのさん配列はいれつ核酸かくさん塩基えんき配列はいれつ決定けっていほう技術ぎじゅつ、そしてそのデータをもちいて系統けいとう類縁るいえん関係かんけい推定すいていする解析かいせき手法しゅほう進展しんてんともなって、従来じゅうらい生物せいぶつ系統けいとう分類ぶんるいほうおおきな変革へんかくせまられている。とくに、これまでのグループに所属しょぞくさせることができないためにいちくくりに分類ぶんるいされていた、原生げんせい生物せいぶつ藻類そうるい一部いちぶ菌類きんるいにつき系統けいとう大幅おおはば見直みなおされつつある。学問がくもんじょうかいせつないしかいせつすで瓦解がかいしたとっても過言かごんではない。ここではキャヴァリエ=スミス (Thomas Cavalier-Smith) らが中心ちゅうしんとなって提唱ていしょうしている分子ぶんし系統けいとうがくてき分類ぶんるいいちれいしめ[よう出典しゅってん](ただし現生げんなま生物せいぶつのみ)。従来じゅうらいさかいもんつなとの整合せいごうせい今後こんご課題かだいである。この分野ぶんや現在げんざいさらに進展しんてんしつつあるため、今後こんご大小だいしょう変更へんこうがありる。

アリストテレスの分類ぶんるい

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どのような分類ぶんるい体系たいけい合理ごうりてきかは、アリストテレス以来いらいさまざまな工夫くふうがされ、あんされてきた。かれの『動物どうぶつ』では動物どうぶつ分類ぶんるいつぎのようになる。

  1. ゆう動物どうぶつ
    1. 胎生たいせい
      1. 人類じんるい
      2. 胎生たいせい四足しそくるい
      3. くじらるい
    2. たまご胎生たいせい
      1. 軟骨なんこつ魚類ぎょるい
    3. 卵生らんせい
      1. 鳥類ちょうるい
      2. 卵生らんせい四足しそくるい
      3. あしるい
    4. 不完全ふかんぜん卵生らんせい
      1. 魚類ぎょるい
  2. 無血むけつ動物どうぶつ
    1. 不完全ふかんぜん卵生らんせい
      1. 軟体るい
      2. 軟殻るい
    2. うじせいあるいは自然しぜん発生はっせい
      1. ゆうふしるい
    3. 無性むしょう生殖せいしょくまたは自然しぜん発生はっせい
      1. からるい
      2. その

アリストテレスの権威けんい絶対ぜったいとされた中世ちゅうせいは、この動物どうぶつ分類ぶんるい支配しはいてきであった。

リンネの分類ぶんるい

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近代きんだいてき分類ぶんるいほう刷新さっしんリンネからはじまった。

リンネはたね学名がくめいめいほうぞくめいたね小名しょうみょうの2あらわす)を採用さいようし、分類ぶんるい体系たいけいづけた。また、ぞくたね上位じょうい分類ぶんるいとして、つなもうけて、階層かいそうてき分類ぶんるい体系たいけいとした。

現在げんざい生物せいぶつ分類ぶんるいでもこのルールはわっていないが、リンネの時代じだいくらべると階層かいそう構造こうぞうはより段階だんかいとなっている(後述こうじゅつ)。

しかしリンネの分類ぶんるい自体じたい現在げんざいもそのままきているわけではない。たとえば、リンネはクジラ魚類ぎょるい分類ぶんるいしていたがこれはあやまりであった。また植物しょくぶつおしべ本数ほんすうもと分類ぶんるいしたことは有名ゆうめいだが、現在げんざい植物しょくぶつ分類ぶんるいではこの分類ぶんるい手法しゅほうてられている。

また、リンネの時代じだいには「進化しんか」の概念がいねんがなかったため、リンネの分類ぶんるいはあくまでも形態けいたい類似るいじ異同いどう差異さいによる操作そうさかぎられる限界げんかいがあった。

かいせつ

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かいせつは、生物せいぶつ分類ぶんるい体系たいけいのひとつで、生物せいぶつ全体ぜんたいいつつのさかいけるものである。とくロバート・ホイッタカーのものが有名ゆうめい

ドメインの提唱ていしょう

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1937ねんシャットン (E. Chatton) は、生物せいぶつ全体ぜんたい原核げんかく生物せいぶつ Prokaryotaかく生物せいぶつ Eukaryota の2つの empire分類ぶんるいした。

1990ねんウーズは、原核げんかく生物せいぶつ細菌さいきん(バクテリア)と細菌さいきん(アーキア)に分割ぶんかつし、また階級かいきゅうめいドメインとした。ウーズによれば、生物せいぶつ全体ぜんたいは、細菌さいきん、アーキア、かく生物せいぶつかれる。

脚注きゃくちゅう

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注釈ちゅうしゃく

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  1. ^ 細菌さいきんさかい分類ぶんるいについては安定あんていしていない。ここではユーリ細菌さいきんかいとプロテオ細菌さいきんかいに2ふんする方式ほうしき採用さいようした
  2. ^ もんからつなまではだい16じょうだい3こう[9]およだい17じょうだい1こう[10]だい18じょうだい1こう[11]だい19じょうだい1こう[12]れんおよびれんだい19じょうだい3こう[13]記載きさいされている。また、日本語にほんごばん命名めいめいほう用語ようごしゅう規約きやくちゅう用語ようご解説かいせつ Glossaryとはことなる)にまとめられている[14]
  3. ^ 植物しょくぶつ同様どうようにICNちゅう記載きさい
  4. ^ 植物しょくぶつ同様どうようにICNちゅう記載きさい
  5. ^ ただし-viridaeではない[9]

出典しゅってん

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  1. ^ a b #矢島やじま(2020) p.72.
  2. ^ Zaremba-Niedzwiedzka, Katarzyna; Caceres, Eva F.; Saw, Jimmy H.; Bäckström, Disa; Juzokaite, Lina; Vancaester, Emmelien; Seitz, Kiley W.; Anantharaman, Karthik et al. (2017-01). “Asgard archaea illuminate the origin of eukaryotic cellular complexity” (英語えいご). Nature 541 (7637): 353–358. doi:10.1038/nature21031. ISSN 0028-0836. http://www.nature.com/articles/nature21031. 
  3. ^ Spang, Anja; Saw, Jimmy H.; Jørgensen, Steffen L.; Zaremba-Niedzwiedzka, Katarzyna; Martijn, Joran; Lind, Anders E.; van Eijk, Roel; Schleper, Christa et al. (2015-05). “Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes” (英語えいご). Nature 521 (7551): 173–179. doi:10.1038/nature14447. ISSN 0028-0836. PMC 4444528. PMID 25945739. http://www.nature.com/articles/nature14447. 
  4. ^ Liu, Yang; Makarova, Kira S.; Huang, Wen-Cong; Wolf, Yuri I.; Nikolskaya, Anastasia N.; Zhang, Xinxu; Cai, Mingwei; Zhang, Cui-Jing et al. (2021-05-27). “Expanded diversity of Asgard archaea and their relationships with eukaryotes” (英語えいご). Nature 593 (7860): 553–557. doi:10.1038/s41586-021-03494-3. ISSN 0028-0836. http://www.nature.com/articles/s41586-021-03494-3. 
  5. ^ Woese C, Kandler O, Wheelis M (1990). “Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya.(生物せいぶつ自然しぜん機構きこうについて:細菌さいきん細菌さいきんかく生物せいぶつの3ドメインの提案ていあん)”. Proc Natl Acad Sci U S A 87 (12): 4576-9. PMID 2112744. 
  6. ^ ここにせた具体ぐたいれい下記かきより引用いんよう藤田ふじた敏彦としひこ (2010/4/28). 動物どうぶつ系統けいとう分類ぶんるい進化しんか. しん生命せいめい科学かがくシリーズ. はなぼう. ISBN 978-4785358426  p91
  7. ^ 中学校ちゅうがっこう理科りか教科書きょうかしょ未来みらいひろがるサイエンス」”. けいりんかん. 2018ねん7がつ11にち閲覧えつらん
  8. ^ Adl, Sina M.; Bass, David; Lane, Christopher E.; Lukeš, Julius; Schoch, Conrad L.; Smirnov, Alexey; Agatha, Sabine; Berney, Cedric et al. (2018-09-26). “Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes” (英語えいご). Journal of Eukaryotic Microbiology: jeu.12691. doi:10.1111/jeu.12691. ISSN 1066-5234. PMC 6492006. PMID 30257078. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jeu.12691. 
  9. ^ a b ICN 2018, Article 16.3.
  10. ^ ICN 2018, Article 17.1.
  11. ^ ICN 2018, Article 18.1.
  12. ^ ICN 2018, Article 19.1.
  13. ^ ICN 2018, Article 19.3.
  14. ^ ICN 日本語にほんごばん 2019, 命名めいめいほう用語ようごしゅう.
  15. ^ ICZN 2000, Article 29.2.
  16. ^ ICNP 2019, Rule 8.
  17. ^ ICNP 2019, Rule 9.
  18. ^ 原核げんかく生物せいぶつのphylumの名前なまえわりました独立どくりつ行政ぎょうせい法人ほうじん製品せいひん評価ひょうか技術ぎじゅつ基盤きばん機構きこう

参考さんこう文献ぶんけん

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命名めいめい規約きやく

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  • Turland, N. J., Wiersema, J. H., Barrie, F. R., Greuter, W., Hawksworth, D. L., Herendeen, P. S., Knapp, S., Kusber, W.-H., Li, D.-Z., Marhold, K., May, T. W., McNeill, J., Monro, A. M., Prado, J., Price, M. J. & Smith, G. F., ed (2018). International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants (Shenzhen Code) adopted by the Nineteenth International Botanical Congress Shenzhen, China, July 2017. Regnum Vegetabile 159. Glashütten: Koeltz Botanical Books. doi:10.12705/Code.2018. ISBN 978-3-946583-16-5 
  • the International Commission on Zoological Nomenclature (ICZN) (1999). International Code on Zoological Nomenclature (4 ed.). The International Trust for Zoological Nomenclature. ISBN 0-85301-006-4. https://www.iczn.org/the-code/the-code-online/  In: Ride, W.D.L.;H.G. Cogger; C. Dupuis; O. Kraus; A. Minelli; F. C. Thompson; P.K. Tubbs, ed (1999). International Code of Zoological Nomenclature Fourth Editon adopted by the International Union of Biological Sciences. London: International Trust for Zoological Nomenclature. pp. xxix+306 pp 
  • “International Code of Nomenclature of Prokaryotes [Prokaryotic Code (2008 Revision)]”. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY 69 (1A). (2019-01-11). doi:10.1099/ijsem.0.000778. 

関連かんれん項目こうもく

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