Ήταν Έλληνας, γεννήθηκε στηΣικελίακαι ήταν γόνος μιας εύπορης αλλά ευσεβούς οικογένειας. Μετά τον θάνατό τους μοίρασε την περιουσία τους στους φτωχούς και αποσύρθηκε σε ένα μοναστήρι στοΠαλέρμο. Η παράδοση αυτή βασίζεται σε μία επιστολή τουΠάπα Γρηγορίου Α΄στοναββάτου αγίου Ερμή του Παλέρμο, ενός μοναστηριού τωνΒενεδικτίνωνκαιστην οποία αναφέρει κάποιον Αγάθωνα. Στην επιστολή αυτή, ο Γρηγόριος γράφει ότι ο ηγούμενος μπορούσε να δεχθεί τον Αγάθωνα στο μοναστήρι του, ανη σύζυγος του τελευταίου δεχόταν ναμπεισε γυναικεία μονή. Ανκαι υπάρχουν λόγοι που συναινούν στο ότι ο μοναχός αυτός ήταν ο άγιος Αγάθων, θα ήταν ωστόσο, με βάση την πηγή αυτή, 100 ετών τον καιρό της εκλογής του.[1]
Λίγο μετά την εκλογή του Αγάθωνα, ο Γουίλφριντ, αρχιεπίσκοπος της Υόρκης κατέφθασε στηΡώμημε σκοπό να επικαλεσθεί τηνΑγία Έδρα. Ο Γουίλφριντ είχε καθαιρεθεί από την επισκοπή του από τον Θεόδωρο, αρχιεπίσκοπο του Καντέρμπερι, ο οποίος χώρισε την επισκοπή του Γουίλφριντ, διορίζοντας τρεις νέους επισκόπους για τις επισκοπές που προέκυψαν. Σε μία σύνοδοτην οποία διοργάνωσε ο Πάπας Αγάθων στοΛατεράνογιανα ερευνήθεί το θέμα, αποφασίστηκε ότι η επισκοπή ορθώς χωρίστηκε, αλλά οι νέοι επίσκοποι θα ορίζονταν από τον Γουίλφριντ.[1][2]
Το μεγαλύτερο γεγονός της παποσύνης του ήταν ηΈκτη Οικουμενική Σύνοδος (680–681), μετην οποία τερματίστηκε η αίρεση τουΜονοθελητισμού, η οποία έγινε κατά το παρελθόν ανεκτή από διάφορους Πάπες. Η σύνοδος ξεκίνησε όταν ο βυζαντινός αυτοκράτορας Κωνσταντίνος Δ', θέλοντας να δώσει τέλος στοσχίσμαπου χώριζε τις δύο πλευρές, έγραψε στονΠάπα Δόνο προτείνοντας μια διάσκεψη γιατο θέμα, αλλά όταν έφτασε η επιστολή ο Δόνος είχε ήδη πεθάνει. Ως διάδοχός του, Αγάθων έσπευσε να εκμεταλλευτεί την ευκαιρία που παρείχε ο αυτοκράτορας. Διεξήγαγε συμβούλια σε ολόκληρη τη Δύση προκειμένου οι αντιπρόσωποι να μπορούν να παρουσιάσουν την καθολική παράδοση της Δυτικής Εκκλησίας. Στη συνέχεια έστειλε μια μεγάλη αντιπροσωπεία γιανα συναντηθεί με τους Ανατολικούς στην Κωνσταντινούπολη.[1]
Οι αντιπρόσωποι του Αγάθωνα καιοι πατριάρχες συγκεντρώθηκαν στο αυτοκρατορικό παλάτι στις 7 Δεκεμβρίουτου680[3]. Οι Μονοθελητές παρουσίασαν την άποψή τους. Στη συνέχεια αναγνώστηκε η επιστολή του Πάπα Αγάθωνα που εξηγούσε την πίστη της Εκκλησίας ότι οΧριστός είχε δύο φύσεις, τη θεϊκή καιτην ανθρώπινη. Η σύνοδος συμφώνησε ότι οαπόστολος Πέτρος μιλούσε μέσω του Αγάθωνα. ΟΠατριάρχης Γεώργιος Α΄ ασπάστηκε το περιεχόμενο της επιστολής του Αγάθωνα, όπως έκαναν καιοι περισσότεροι παρευρισκόμενοι επίσκοποι. Η σύνοδος διακήρυξε την ύπαρξη των δύο φύσεων του Χριστου και καταδίκασε το Μονοθελητισμο μετονΠάπα Ονώριο Α΄να περιλαμβάνεται στους αφορισθέντες. Μετη λήξη της συνόδου το Σεπτέμβριο του 681 τα διατάγματα, που προέκυψαν, στάλθηκαν στον Πάπα, αλλά ο Αγάθων είχε πεθάνει ήδη από τον Ιανουάριο. Πέρα από την καταδίκη του Μονοθελητισμού, η σύνοδος θεράπευσε καιτο σχίσμα.[1]
Ο άγιος Αγάθωνας ξεκίνησε επίσης διαπραγματεύσεις μεταξύ της Αγίας Έδρας καιτου αυτοκράτορα Κωνσταντίνου γιατη σχέση της Βυζαντινής αυτοκρατορίαςκαιτων παπικών εκλογών. Ο αυτοκράτορας υποσχέθηκε στον Αγάθωνα ότι θα καταργούσε ή θα μείωνε τους φόρους πουοι Πάπες ήταν υποχρεωμένοι να καταβάλουν στο δημόσιο γιατην εκλογή τους.[1]
Ορισμένοι ακόλουθοι τουΚαθολικού Παραδοσιακού Κίνηματος ισχυρίζονται ότι ήταν ο πρώτος Πάπας που έδωσε κατά την ενθρόνισή τουτον παπικό όρκο, όπως τον αποκαλούν.